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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】autodock和autogrid时分别出现错误，如何解决？
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ykwuya

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock和autogrid时分别出现错误，如何解决？

本人在windows 里安装4.0，dock之前的准备工作都是按照autodock 4.0 tutorial的指导进行的，计算的内容就是tutorial里的hsg1.pdb 和ind.pdb。
但是在autogrid时出现如下错误：
GPF> receptor hsg1.pdbqs                  # macromolecule

Receptor Input File :        hsg1.pdbqs

Receptor Atom Type Assignments:

Atom no.  1, " N  " at (-5.322, -15.656, -12.341),

receptor file contains unknown type: '9.00'
add parameters for it to the parameter library first
[疑问：如何添加这个未知类型的原子，但是这里面应该没有什么特别原子啊]


另外，利用tutorial自带的文件进行autodock时出现如下错误：
PARSING INPUT DOCKING PARAMETER FILE

Docking parameter file (DPF) used for this docking:                C:\Documents and Settings\ibm\hsg1.dpf



DPF> outlev 1                             # diagnostic output level

Output Level = 1.  MINIMUM OUTPUT DURING DOCKING.

        Output every 100 generations.


DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat       # parameter library filename

Sorry, I can't find or open AD4.1_bound.dat
Using read_parameter_library
[疑问：是路径不对，还是文件名不对？]

上面两个问题如何解决，烦请高手指导，不胜感谢！！

[ Last edited by xuefei06 on 2009-1-16 at 21:36 ]
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1楼 2009-01-16 20:57:40
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xuefei06(金币+5):谢谢你的回答！ 1-17 19:02
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:18
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
引用回帖:
Originally posted by ykwuya at 2009/1/16 20:57:
本人在windows 里安装4.0，dock之前的准备工作都是按照autodock 4.0 tutorial的指导进行的，计算的内容就是tutorial里的hsg1.pdb 和ind.pdb。
但是在autogrid时出现如下错误：
GPF> receptor hsg1.pdbqs     ...

1）。
呵呵，你用的autodock4.0却在使用pdbqs这样的3.0版文件格式，4.0版里已经将受体和配体的格式统一成了pdbqt的，所以你生成的pdbqs里自然会产生不同的原子类型而造成不认了。方法是改用ADT工具准备受体配体文件。
2）。
DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat 这句，
如果你的AD4.1_bound.dat 文件不是放在与*.dpf文件同一目录下那么就会产生此错误，因此要使用这种自定义的参数文件，最好的方法是将其放在同一目录下才不会出错。

另外，统一起见，关于分子对接，autodock等等的提问，这里有专贴，请在此提问，谢谢。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1146943&fpage=1
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-01-17 11:18:16
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ykwuya

金虫 (小有名气)
非常感谢楼上的解答，
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3楼2009-01-18 03:32:08
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ykwuya

金虫 (小有名气)
2楼同学，我按照你说的方法，把所有文件都放在一起，重新准备dock文件，结果还是出现第二个问题，难道是我的软件没有安装正确吗？还是其他原因，再请高手指点，谢谢
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4楼2009-01-18 20:15:37
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 1-19 09:45
ykwuya(金币+4):thanks 2-1 04:37
如果你确定文件名没错的话，这应该不太可能，不知你是什么情况
提供解决方案：
1.如果你不是一定要用这个自定义的参数文件，那么从dpf文件中删除这一行
2.如果你一定要用这个文件，那么可以试下修改个文件名，改成一个简单一些的，不带标点的；另外你要确定这个文件的正确性，这个文件在mgltools/mgltoolspkg/autodocktools中，把它拷出来用
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-01-18 23:49:34
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yitianle

木虫 (小有名气)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！ 2-12 12:42
建议重新安装,估计是安装的有问题,请自己google一下autodock在window里安装的方法,然后重新安装一下应该可以解决的.另外在保存文件时,一定要保存在默认的文件夹下,在对接时才可以正确进行.
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上海相辉医药科技有限公司 www.sunwaypharm.com 021-51613915
6楼2009-02-12 00:31:43
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