| 查看: 1919 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】autodock和autogrid时分别出现错误，如何解决？
|
|||
|
本人在windows 里安装4.0，dock之前的准备工作都是按照autodock 4.0 tutorial的指导进行的，计算的内容就是tutorial里的hsg1.pdb 和ind.pdb。 但是在autogrid时出现如下错误： GPF> receptor hsg1.pdbqs # macromolecule Receptor Input File : hsg1.pdbqs Receptor Atom Type Assignments: Atom no. 1, " N " at (-5.322, -15.656, -12.341), receptor file contains unknown type: '9.00' add parameters for it to the parameter library first [疑问：如何添加这个未知类型的原子，但是这里面应该没有什么特别原子啊] 另外，利用tutorial自带的文件进行autodock时出现如下错误： PARSING INPUT DOCKING PARAMETER FILE Docking parameter file (DPF) used for this docking: C:\Documents and Settings\ibm\hsg1.dpf DPF> outlev 1 # diagnostic output level Output Level = 1. MINIMUM OUTPUT DURING DOCKING. Output every 100 generations. DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat # parameter library filename Sorry, I can't find or open AD4.1_bound.dat Using read_parameter_library [疑问：是路径不对，还是文件名不对？] 上面两个问题如何解决，烦请高手指导，不胜感谢！！ [ Last edited by xuefei06 on 2009-1-16 at 21:36 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
分子动力学 Plumed教程求助
已经有0人回复
-
研究生学术新锐奖｜宁波微纳材料研讨会参会通知
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有93人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
求相关合成条件
已经有12人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有67人回复
-
申博
已经有2人回复
-
【接测试】TPD-TPR、TPO、脉冲吸附、原位红外，电化学原位红外，站内联系
已经有0人回复
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xuefei06(金币+5):谢谢你的回答！ 1-17 19:02
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:18
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
xuefei06(金币+5):谢谢你的回答！ 1-17 19:02
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:18
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
ykwuya(金币+2):谢谢指导 1-18 20:19
|
1）。 呵呵，你用的autodock4.0却在使用pdbqs这样的3.0版文件格式，4.0版里已经将受体和配体的格式统一成了pdbqt的，所以你生成的pdbqs里自然会产生不同的原子类型而造成不认了。方法是改用ADT工具准备受体配体文件。 2）。 DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat 这句， 如果你的AD4.1_bound.dat 文件不是放在与*.dpf文件同一目录下那么就会产生此错误，因此要使用这种自定义的参数文件，最好的方法是将其放在同一目录下才不会出错。 另外，统一起见，关于分子对接，autodock等等的提问，这里有专贴，请在此提问，谢谢。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1146943&fpage=1 |
2楼2009-01-17 11:18:16
3楼2009-01-18 03:32:08
4楼2009-01-18 20:15:37
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
5楼2009-01-18 23:49:34
yitianle
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5063.5
- 散金: 115
- 帖子: 85
- 在线: 77.5小时
- 虫号: 320795
- 注册: 2007-03-10
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
6楼2009-02-12 00:31:43
10