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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 使用BLAST序列比对问题
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devil2006

木虫 (正式写手)

[交流] 使用BLAST序列比对问题

本人初次做BLAST序列比对，做菌种鉴定，比对结果显示有好几种菌的同源性都在99%以上，请问我应该选那一个？还是应该在做什么处理？
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1楼 2009-01-16 16:51:53
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cauzhangtao

木虫 (正式写手)
★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):谢谢参与
选最高的。
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2楼2009-01-16 17:47:06
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devil2006

木虫 (正式写手)
可是有好几个都是同源性100%，那我该选那你个呢？
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3楼2009-01-16 18:37:27
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mylove0xy03

禁虫 (小有名气)
★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):感谢
本帖内容被屏蔽
4楼2009-01-16 20:01:19
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devil2006

木虫 (正式写手)
Score = 1431 bits (744),  Expect = 0.0
Identities = 778/780 (99%), Gaps = 0/780 (0%)
Strand=Plus/Minus

Score = 1413 bits (735),  Expect = 0.0
Identities = 774/777 (99%), Gaps = 1/777 (0%)
Strand=Plus/Plus

请问测序结果中以上内容说明了什么？为什么有的是 778/780 (99%),有的是774/777 (99%),同源性都是99%，像这种情况该选哪一个呢？
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5楼2009-01-16 20:31:14
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mylove0xy03

禁虫 (小有名气)
★
devil2006(金币+1,VIP+0):恩，我试试，谢谢
本帖内容被屏蔽
6楼2009-01-16 21:32:00
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蓝色基因

金虫 (正式写手)
★
devil2006(金币+1):谢谢参与
同源性可以精确小数点后面2位的，一个778/780 (99%),有的是774/777 (99%),哪肯定是前面一个同源性高啊。
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7楼2009-01-16 23:53:07
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devil2006

木虫 (正式写手)
请问如何将同源性精确到后两位？在BLAST网站上能吗
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8楼2009-01-17 00:09:39
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qqsvery

木虫 (著名写手)
★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):非常感谢！ 12-9 08:11
这个要看你自己的序列是多长，再看你比对出来的序列有多长。比如你的是1430，你查出来的是1450，比你自己的长20，你就要看Query （这个是你自己的序列）和Sbjct （这个是你比对出来的）是不是分别以1开头，如果Sbjct 不是1，而是别的，就说明是比对出来的序列在5·端比你自己的序列长。

你所说的：778/780 (99%),有的是774/777 (99%),就要看上面这个了！
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谎言和真实在河边洗澡，谎言先洗好，穿走了真实的衣服，真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言，却很难接受赤裸裸的真实。
9楼2009-12-08 11:42:58
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