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devil2006

木虫 (正式写手)

[交流] 使用BLAST序列比对问题

本人初次做BLAST序列比对,做菌种鉴定,比对结果显示有好几种菌的同源性都在99%以上,请问我应该选那一个?还是应该在做什么处理?
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cauzhangtao

木虫 (正式写手)

★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):谢谢参与
选最高的。
2楼2009-01-16 17:47:06
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devil2006

木虫 (正式写手)

可是有好几个都是同源性100%,那我该选那你个呢?
3楼2009-01-16 18:37:27
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mylove0xy03

禁虫 (小有名气)

★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):感谢
本帖内容被屏蔽

4楼2009-01-16 20:01:19
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devil2006

木虫 (正式写手)

Score = 1431 bits (744),  Expect = 0.0
Identities = 778/780 (99%), Gaps = 0/780 (0%)
Strand=Plus/Minus

Score = 1413 bits (735),  Expect = 0.0
Identities = 774/777 (99%), Gaps = 1/777 (0%)
Strand=Plus/Plus

请问测序结果中以上内容说明了什么?为什么有的是 778/780 (99%),有的是774/777 (99%),同源性都是99%,像这种情况该选哪一个呢?
5楼2009-01-16 20:31:14
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mylove0xy03

禁虫 (小有名气)


devil2006(金币+1,VIP+0):恩,我试试,谢谢
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6楼2009-01-16 21:32:00
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蓝色基因

金虫 (正式写手)


devil2006(金币+1):谢谢参与
同源性可以精确小数点后面2位的,一个778/780 (99%),有的是774/777 (99%),哪肯定是前面一个同源性高啊。
7楼2009-01-16 23:53:07
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devil2006

木虫 (正式写手)

请问如何将同源性精确到后两位?在BLAST网站上能吗
8楼2009-01-17 00:09:39
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qqsvery

木虫 (著名写手)

★ ★
devil2006(金币+1):谢谢参与
devil2006(金币+1,VIP+0):非常感谢! 12-9 08:11
这个要看你自己的序列是多长,再看你比对出来的序列有多长。比如你的是1430,你查出来的是1450,比你自己的长20,你就要看Query (这个是你自己的序列)和Sbjct (这个是你比对出来的)是不是分别以1开头,如果Sbjct 不是1,而是别的,就说明是比对出来的序列在5·端比你自己的序列长。

你所说的:778/780 (99%),有的是774/777 (99%),就要看上面这个了!
谎言和真实在河边洗澡,谎言先洗好,穿走了真实的衣服,真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言,却很难接受赤裸裸的真实。
9楼2009-12-08 11:42:58
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