24小时热门版块排行榜    

查看: 1612  |  回复: 15

clickme

木虫 (小有名气)

体系中温度的影响不应该是你这样加入的。有条件用其他软件做一下频率分析,得到真正的自由能才对。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
11楼2017-06-21 11:31:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CMA17

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by clickme at 2017-06-21 11:28:37
原则是这样,用带温度的分子动力学模拟让高分子链找到大致的全局最构型,在后优再化一下就得到了全局最优结构的精确能量。所以你只要把你之前得到的构型再优化下即可。到要保证之前动力学足够久,高分子得到了充分驰 ...

谢谢您的回复!

您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面,在Discover中加力场;2、固定下层原子,在Discover中进行Minimizer,构建超胞并加真空层;3、构建高分子,在Forcite中进行结构优化;4、将高分子放在晶体表面,固定晶体所有原子,进行动力学计算;5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化;6、最后能量计算。

还有两个小问题:1、动力学过程多少步算足够久?500步是个怎样的水平?2、Forcite中的Dynamics与Discover中的Dynamics是一样的不?如果一样我就直接全用Forcite进行计算了,不用这么麻烦了。

期待您的指导
12楼2017-06-21 15:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-21 17:05:55
引用回帖:
12楼: Originally posted by CMA17 at 2017-06-21 15:22:03
谢谢您的回复!

您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面,在Discover中加力场;2、固定下层原子,在Discover中进行Minimizer,构建超胞并加真空层;3、构建高分子,在Forcite中进行结构优化;4、将 ...

1. 动力学500步太少,要在你的计算能力接受的最大值,起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块,我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD,应更区别不太大的。
13楼2017-06-21 15:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CMA17

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
13楼: Originally posted by clickme at 2017-06-21 15:50:22
1. 动力学500步太少,要在你的计算能力接受的最大值,起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块,我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD,应更区别不太大的。...

刚刚看到一个模拟阻聚剂的文章,他是把作为阻聚剂的高分子进行动力学(有温度设置)模拟后,取出最后一帧,再用分子力学方法进行能量优化,最后用这样的高分子去进行吸附动力学计算,这样是不是更合理?

你看我的模拟过程变成这样是不是更好:1、晶体切面,在Discover中加力场;2、固定下层原子,在Discover中进行Minimizer,构建超胞并加真空层;3、构建高分子,在Forcite中进行动力学计算后,取最后一帧进行结构优化得到能量最低构象;4、将高分子放在晶体表面,固定晶体所有原子,进行动力学计算;5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化;6、最后能量计算。
14楼2017-06-21 17:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clickme

木虫 (小有名气)

这样做应该可以了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
15楼2017-06-22 19:13:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CMA17

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
15楼: Originally posted by clickme at 2017-06-22 19:13:02
这样做应该可以了。

好的
16楼2017-06-23 19:48:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 CMA17 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-20 3/150 2026-03-21 07:28 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +4 ydfyh 2026-03-17 4/200 2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 278求调剂 +6 烟火先于春 2026-03-17 6/300 2026-03-21 01:57 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 5/250 2026-03-20 22:11 by 云游重阳
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭! 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
信息提示
请填处理意见