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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 高分子模板剂诱导晶体生长的模拟
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clickme

木虫 (小有名气)
体系中温度的影响不应该是你这样加入的。有条件用其他软件做一下频率分析，得到真正的自由能才对。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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11楼2017-06-21 11:31:20
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CMA17

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by clickme at 2017-06-21 11:28:37
原则是这样，用带温度的分子动力学模拟让高分子链找到大致的全局最构型，在后优再化一下就得到了全局最优结构的精确能量。所以你只要把你之前得到的构型再优化下即可。到要保证之前动力学足够久，高分子得到了充分驰 ...

谢谢您的回复！

您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。

还有两个小问题：1、动力学过程多少步算足够久？500步是个怎样的水平？2、Forcite中的Dynamics与Discover中的Dynamics是一样的不？如果一样我就直接全用Forcite进行计算了，不用这么麻烦了。

期待您的指导
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12楼2017-06-21 15:22:03
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clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-21 17:05:55
引用回帖:
12楼: Originally posted by CMA17 at 2017-06-21 15:22:03
谢谢您的回复！

您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将 ...

1. 动力学500步太少，要在你的计算能力接受的最大值，起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块，我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD，应更区别不太大的。
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13楼2017-06-21 15:50:22
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CMA17

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by clickme at 2017-06-21 15:50:22
1. 动力学500步太少，要在你的计算能力接受的最大值，起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块，我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD，应更区别不太大的。...

刚刚看到一个模拟阻聚剂的文章，他是把作为阻聚剂的高分子进行动力学（有温度设置）模拟后，取出最后一帧，再用分子力学方法进行能量优化，最后用这样的高分子去进行吸附动力学计算，这样是不是更合理？

你看我的模拟过程变成这样是不是更好：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行动力学计算后，取最后一帧进行结构优化得到能量最低构象；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。
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14楼2017-06-21 17:12:35
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clickme

木虫 (小有名气)
这样做应该可以了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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15楼2017-06-22 19:13:02
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CMA17

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by clickme at 2017-06-22 19:13:02
这样做应该可以了。

好的
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16楼2017-06-23 19:48:45
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