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高分子模板剂诱导晶体生长的模拟
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目前有实验数据证明高分子模板剂可以诱导晶体按照一个方向生长，现在想要用MS来模拟一下这个过程，请问模拟过程要怎样设计一下？或者有相关文献推荐也非常感谢。还请前辈指导 。PS：目前金币较少，我马上跟别人借点金币过来补充。 |
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3楼2017-06-19 08:50:23
5楼2017-06-20 10:36:08
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谢谢您的回答，我用的是MS中的Discover模块计算的，在Dynamics的过程中已经设置了温度（为实验的反应温度），并且根据吸附能公式“吸附能=体系总能量-（高分子能量+晶体表面能量）”计算得到了吸附能，这种情况是否还需要加上零点振动能和键的能量？ 另外，根据我目前得到的计算结果，在（001）的吸附能最大，正好符合我的实验数据中晶体沿[001]方向生长的结果。我之前说的计算过程与实验过程是反的是指，实验过程中是晶体与高分子发生晶格匹配，然后开始沿[001]方向生长，而计算过程是让高分子去吸附晶面，我是觉得这两个过程是反的，并不是说计算与实验结果相反，您能帮我解释一下这边的疑惑吗？期待您的指导 。 |
7楼2017-06-20 16:27:16
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谢谢您的指导！ 目前我做模拟计算的过程是：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、最后能量计算。 是不是要改成：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，将整个结构在Forcite中进行结构优化；5、将整个结构进行动力学计算；6、最后能量计算。 修改后的计算过程我有2个问题：1、将整个结构进行结构优化的过程并没有加入温度场，这样是否能满足温度涨落导致的形变能的计算。在目前的计算过程中，动力学计算过程未固定高分子，且计算过程中有温度参与，是否已经包括温度造成的分子形变能；2、动力学计算之前将整个体系进行结构优化，当不同晶面吸附同一高分子时，由于晶面结构不同，结构优化后的高分子在不同晶面上的结构一定不同，这样的两个体系算出的吸附能是否有可比性。就是说，进行动力学计算的高分子组成不变但构型不同，这样得到的吸附能能不能算同高分子对晶体不同晶面的吸附能？ 问题比较多，期待您的再次耐心指导，谢谢 ！ |
9楼2017-06-21 10:12:19
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谢谢您的回复！ 您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。 还有两个小问题：1、动力学过程多少步算足够久？500步是个怎样的水平？2、Forcite中的Dynamics与Discover中的Dynamics是一样的不？如果一样我就直接全用Forcite进行计算了，不用这么麻烦了。 期待您的指导 |
12楼2017-06-21 15:22:03
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刚刚看到一个模拟阻聚剂的文章，他是把作为阻聚剂的高分子进行动力学（有温度设置）模拟后，取出最后一帧，再用分子力学方法进行能量优化，最后用这样的高分子去进行吸附动力学计算，这样是不是更合理？ 你看我的模拟过程变成这样是不是更好：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行动力学计算后，取最后一帧进行结构优化得到能量最低构象；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。 |
14楼2017-06-21 17:12:35
16楼2017-06-23 19:48:45
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