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1楼2017-06-17 11:16:15

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CMA17: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-06-19 08:41:29

计算模板剂在不同晶面上的吸附能差异。

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2楼2017-06-18 18:06:41

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CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-20 10:30:21

如果可以的话做一下频率分析，得到零点能和室温下的热矫正，可能你的结论就能正过来了。

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4楼2017-06-19 12:11:30

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CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-20 15:03:51

你结构优化得到的能量只是绝对零度下的电子能而已，还应该加上零点震动能和键的伸缩摇摆振动在室温下蕴含的能量，这些都加在一起再比较吸附能，就有可能把你之前算的能量顺序完全推翻。你只要在计算的时候进行频率分析计算就能得到这两个值。

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6楼2017-06-20 14:27:05

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CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-21 09:36:47

引用回帖:

7楼: Originally posted by CMA17 at 2017-06-20 16:27:16
谢谢您的回答，我用的是MS中的Discover模块计算的，在Dynamics的过程中已经设置了温度（为实验的反应温度），并且根据吸附能公式“吸附能=体系总能量-（高分子能量+晶体表面能量）”计算得到了吸附能，这种情况是否 ...

好的，我明白你的意思了。
1. 我之前说的零点能校正是对应与量子化学计算方法需要考虑的问题，你用MD的话就可以不用考虑了。
2. 我用的是MS2017，我看了下Forcite模块（新版中Discover与Forcite合并和），没有声字或者频率分析的选项，所有温度校正也不好再加入了。
3. 你是否用Dynamics后的能量相减得到吸附能？如果是这样的话有不妥，因为此时的结构还有温度热涨落导致的形变能。应该把dynamics的结构再做一此结构优化。
4. 我对晶体生长不大熟悉。如果高分子与晶体某个面结合力强，就能让这个面在生长过程中保持的久一些，最后在表征的时候这个面就多，所以看起来像是沿着这个面生长？我猜的。

8楼2017-06-20 16:46:08

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CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-21 15:11:24

原则是这样，用带温度的分子动力学模拟让高分子链找到大致的全局最构型，在后优再化一下就得到了全局最优结构的精确能量。所以你只要把你之前得到的构型再优化下即可。到要保证之前动力学足够久，高分子得到了充分驰预，找到了自己最好的大致吸附构型。所以动力学模拟阶段温度不宜太高，五六百k即可。

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10楼2017-06-21 11:28:37

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体系中温度的影响不应该是你这样加入的。有条件用其他软件做一下频率分析，得到真正的自由能才对。

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11楼2017-06-21 11:31:20

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CMA17: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-06-21 17:05:55

引用回帖:

12楼: Originally posted by CMA17 at 2017-06-21 15:22:03
谢谢您的回复！

您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将 ...

1. 动力学500步太少，要在你的计算能力接受的最大值，起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块，我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD，应更区别不太大的。

13楼2017-06-21 15:50:22

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这样做应该可以了。

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15楼2017-06-22 19:13:02