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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 260/280值，DNA含量与agarose条带？
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含笑~

银虫 (正式写手)

[交流] 260/280值，DNA含量与agarose条带？

所提取4个样品的基因组DAN，260/280分别是1.8597，1.7247，1.7908，1.7387，含量（ug/ul）分别是：0.0690，0.1849，0.2098，0.1939（BECKMAN DU800）
可跑0.6% agarose时，只有第一和第三个样品有条带，但比较弱，不知原因何在，如果说是DNA含量太低，第一个样品的量是最低的，第二，三，四几乎无差别的呀，为何第二 第四个样品无条带？Marker: -HIND III 50ng/ul 含量比我的样品高很多倍，这有没影响。
260/280值，DNA含量与agarose条带有必要关系吗？
请大家帮分析分析，先谢过大家！

[ Last edited by 含笑~ on 2009-1-15 at 09:54 ]
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1楼 2009-01-15 09:48:41
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含笑~

银虫 (正式写手)
没人回答
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2楼2009-01-15 20:58:24
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader
★ ★
lwf991229(金币+2,VIP+0):3Q`
1.如果你的凝胶成像仪待分析功能的话，你可以和marker（一般是50ng/ul，上样量一致）比一下亮度，这样就大概知道了DNA的浓度了
2.OD的比值测得是纯度，根据公式得出浓度
3.你的agrose gel浓度有点大，可以试一试1-2%
4.在没有参照的情况下，DNA的浓度和eb染色的agrose gel发光率没有必然联系
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会当凌绝顶，一览众山小
3楼2009-01-15 21:52:26
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含笑~

银虫 (正式写手)
谢谢SUTAO1979：
1 含量（ug/ul）分别是：0.0690，0.1849，0.2098，0.1939就是DNA的浓度
2 基因组DNA大于5000bp，所以用0.7%以下的胶
3 我是想知道DNA含量和纯度都相近的情况下，为何有二个跑不出条带，今天重跑了，还是没条带
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4楼2009-01-15 22:38:15
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader
最有可能的就是你的浓度测得不准，再重新测一下，然后把胶的浓度提高
DNA比值在1.8左右是最好的
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会当凌绝顶，一览众山小
5楼2009-01-16 04:23:36
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含笑~

银虫 (正式写手)
再次谢谢sutao！昨天已经联系分光光度计的工程师了，正在等待中....：）不过不解的是：5000bp以上的DNA用0.6%的agarose 没问题的，marker 跑得很好，为何要提高胶浓度？
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6楼2009-01-16 10:26:53
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故乡的云

铜虫 (初入文坛)
很有可能是仪器不准！也可以找个纯质粒作为对照一起跑一下。一般来说质粒都比较纯！
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7楼2009-01-16 11:29:38
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含笑~

银虫 (正式写手)
谢谢4楼和6楼！上午工程师来了，测的数据确实不准！同一样品（跑胶能跑出，但条带不是很强）稀释30倍的260nm含量比100倍还低几倍。他说是样品的问题，然后他就闪人了，唉.....新买的BECKMAN DU800和工程师啊
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8楼2009-01-16 15:09:19
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lly401064

木虫 (初入文坛)
看看有没有降解
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9楼2009-01-16 18:40:46
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)
★
lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论~欢迎常来~
你稀释的时候要注意，还有你的DNA是用TE还是直接用纯水溶的，用什么溶的就用什么进行稀释。还有可能就是DNA溶液中有悬浮物，直接12000g以后取上清再测一下。
beckman的那个机器应该是很准的才对啊！
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10楼2009-01-16 22:05:50
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