应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian优化结构，固定原子的坐标仍改变
61/1返回列表
查看: 1987  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

youfish

金虫 (小有名气)

[求助] 【求助】Gaussian优化结构，固定原子的坐标仍改变 已有1人参与

构建Fe-zsm-5模型，在笛卡尔坐标下，所有的H以及与它直接相连的Si和O都固定，保证分子筛的定型，其余保持松弛。固定的方法是将文件中第二列0改为-1。但是进行结构优化后，固定原子的坐标也发生变化，请麻烦解答！
部分代码如下：

%chk=Fe3-zsm-5-5T.chk
%mem=512MW
%nprocshared=8
# opt freq b3lyp/genecp geom=connectivity SCF=NoVarAcc

Title Card Required

0 6
O               -1   -4.39113332    2.60368738    3.55359680
O                0   -5.15455332    0.80555558    5.31199640
O               -1   -6.91443732    2.46552138    4.28034940
O               -1   -5.10231932    3.34386238    5.97435320
O               -1   -2.41829532    2.55236858    7.64075880
O               -1   -0.77694232    0.49764278    7.63944460
O                0   -5.79743332    0.56475198    7.84840240
O               -1   -2.58102432    0.73844638    9.53714940
......
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-06-14 14:30:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
本人优化做的不多。
楼主这种情况应该看相对位置，而不是绝对位置。

高斯在做计算时，默认会将分子整体旋转平移到一个"比较好算"的位置，再进行计算，很多单点计算都可以看出计算后的位置和计算前的绝对位置（坐标）是不一样的，优化应该也是这种情况。

为了避免这种情况，楼主可以加入 nosymm 这个关键字，让高斯不进行位置变化操作，直接计算。
赞一下 回复此楼
2楼2017-06-14 18:13:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Yan_Jordan at 2017-06-14 18:13:26
本人优化做的不多。
楼主这种情况应该看相对位置，而不是绝对位置。

高斯在做计算时，默认会将分子整体旋转平移到一个"比较好算"的位置，再进行计算，很多单点计算都可以看出计算后的位置和计算前的绝 ...

感谢建议！
我对比的是优化前后的Standard orientation，应该就是你所说的平移到比较好算的位置。还是说Standard orientation也会有变化，但是相对位置没有变？
赞一下 回复此楼
3楼2017-06-15 13:23:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youfish: 金币+5, ★★★很有帮助, 在计算的时候使用了nosymm，结果中固定原子的坐标保持不变。之前应该是标准坐标在计算中有变化，但实际相对位置没有改变。感谢！ 2017-06-16 09:22:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by youfish at 2017-06-15 13:23:01
感谢建议！
我对比的是优化前后的Standard orientation，应该就是你所说的平移到比较好算的位置。还是说Standard orientation也会有变化，但是相对位置没有变？...

是的。具体的你可以参考高斯手册中Symmetry的解释
http://gaussian.com/symmetry/


网上只找到16的，和09的是一样的
赞一下 回复此楼
4楼2017-06-15 14:28:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小渔yu

新虫 (小有名气)
请问固定健长怎么设置的？

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2017-06-20 15:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

susyustc

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
6楼2018-03-25 17:51:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 youfish 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 07化学280分求调剂 +6 722865 2026-03-23 6/300 2026-03-24 20:58 by allen-yin
[考研] 生物学学硕求调剂 +6 小羊睡着了? 2026-03-23 9/450 2026-03-24 20:21 by 小羊睡着了?
[考研] 收08调剂生 +6 komorebi69 2026-03-18 6/300 2026-03-24 19:09 by 汪！？！
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-24 5/250 2026-03-24 15:46 by 星空星月
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +7 vv迷 2026-03-22 7/350 2026-03-23 23:44 by Txy@872106
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +6 ￣^￣゜汗 2026-03-19 9/450 2026-03-23 19:53 by pswait
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap－ 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap－
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-20 3/150 2026-03-22 16:00 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 一志愿深大，0703化学，总分302，求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭