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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian优化结构，固定原子的坐标仍改变
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youfish

金虫 (小有名气)

[求助] 【求助】Gaussian优化结构，固定原子的坐标仍改变 已有1人参与

构建Fe-zsm-5模型，在笛卡尔坐标下，所有的H以及与它直接相连的Si和O都固定，保证分子筛的定型，其余保持松弛。固定的方法是将文件中第二列0改为-1。但是进行结构优化后，固定原子的坐标也发生变化，请麻烦解答！
部分代码如下：

%chk=Fe3-zsm-5-5T.chk
%mem=512MW
%nprocshared=8
# opt freq b3lyp/genecp geom=connectivity SCF=NoVarAcc

Title Card Required

0 6
O               -1   -4.39113332    2.60368738    3.55359680
O                0   -5.15455332    0.80555558    5.31199640
O               -1   -6.91443732    2.46552138    4.28034940
O               -1   -5.10231932    3.34386238    5.97435320
O               -1   -2.41829532    2.55236858    7.64075880
O               -1   -0.77694232    0.49764278    7.63944460
O                0   -5.79743332    0.56475198    7.84840240
O               -1   -2.58102432    0.73844638    9.53714940
......
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1楼 2017-06-14 14:30:56
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小小渔yu

新虫 (小有名气)
请问固定健长怎么设置的？

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-06-20 15:13:33
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Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
本人优化做的不多。
楼主这种情况应该看相对位置，而不是绝对位置。

高斯在做计算时，默认会将分子整体旋转平移到一个"比较好算"的位置，再进行计算，很多单点计算都可以看出计算后的位置和计算前的绝对位置（坐标）是不一样的，优化应该也是这种情况。

为了避免这种情况，楼主可以加入 nosymm 这个关键字，让高斯不进行位置变化操作，直接计算。
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2楼2017-06-14 18:13:26
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youfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Yan_Jordan at 2017-06-14 18:13:26
本人优化做的不多。
楼主这种情况应该看相对位置，而不是绝对位置。

高斯在做计算时，默认会将分子整体旋转平移到一个"比较好算"的位置，再进行计算，很多单点计算都可以看出计算后的位置和计算前的绝 ...

感谢建议！
我对比的是优化前后的Standard orientation，应该就是你所说的平移到比较好算的位置。还是说Standard orientation也会有变化，但是相对位置没有变？
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3楼2017-06-15 13:23:01
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Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
youfish: 金币+5, ★★★很有帮助, 在计算的时候使用了nosymm，结果中固定原子的坐标保持不变。之前应该是标准坐标在计算中有变化，但实际相对位置没有改变。感谢！ 2017-06-16 09:22:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by youfish at 2017-06-15 13:23:01
感谢建议！
我对比的是优化前后的Standard orientation，应该就是你所说的平移到比较好算的位置。还是说Standard orientation也会有变化，但是相对位置没有变？...

是的。具体的你可以参考高斯手册中Symmetry的解释
http://gaussian.com/symmetry/


网上只找到16的，和09的是一样的
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4楼2017-06-15 14:28:42
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