24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1522  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 求助蛋白质分子和底物对接的高手

想做一个蛋白质分子与辅酶和底物对接的模型,一般用什么软件比较靠谱,有高手可以做吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sootiey

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 08:38:34
这个得具体看,如果该酶有已知的晶体结构,有已知的活性位点信息,并且待对接底物的可旋转键不是很多,那对接结果一般是可信的。反之,则可信度就差一些。

没有晶体结构,只用swiss-model做了建模,底物是丙酮酸和NH4+,辅酶是NADH,以前用Autoduck做过,但效果不理想
3楼2017-06-10 08:50:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

hclwonder

新虫 (正式写手)

这个得具体看,如果该酶有已知的晶体结构,有已知的活性位点信息,并且待对接底物的可旋转键不是很多,那对接结果一般是可信的。反之,则可信度就差一些。

发自小木虫Android客户端
2楼2017-06-10 08:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sootiey at 2017-06-10 08:50:05
没有晶体结构,只用swiss-model做了建模,底物是丙酮酸和NH4+,辅酶是NADH,以前用Autoduck做过,但效果不理想...

有同源性较高的模板吗?有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢?
如果有,应该还可以做的。

发自小木虫Android客户端
4楼2017-06-10 10:43:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sootiey

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 10:43:40
有同源性较高的模板吗?有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢?
如果有,应该还可以做的。
...

有同源性比较高的酶,上次的建模也是用的一个同源性比较高的模板,有相关文献已经做个这个酶和底物作用的分子解析,他们采用的蛋白晶体制作的模型。请教如果可以做的话用什么软件比较好?你做过类似的模型吗?
5楼2017-06-10 23:47:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学308分求调剂 +7 你好明天你好 2026-03-23 8/400 2026-03-27 11:33 by 你好明天你好
[考研] 求调剂 +3 刘柯@ 2026-03-24 4/200 2026-03-27 11:28 by shangxh
[论文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 Russ_ss 2026-03-25 5/250 2026-03-27 10:49 by 陆小果画大饼
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分,求调剂 +3 0857求调剂. 2026-03-24 3/150 2026-03-27 01:18 by 求知若渴lz
[考研] 325求调剂 +5 李嘉图·S·路 2026-03-23 5/250 2026-03-27 00:42 by wxiongid
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 281求调剂 +3 亚克西good 2026-03-26 5/250 2026-03-26 19:48 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +6 谷雨上岸 2026-03-23 7/350 2026-03-26 18:55 by 不吃魚的貓
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 总分293求调剂 +6 加一一九 2026-03-25 8/400 2026-03-26 13:30 by yujianx
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 299求调剂 +4 15188958825 2026-03-25 4/200 2026-03-25 22:56 by 418490947
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 生物学学硕求调剂 +7 小羊睡着了? 2026-03-23 10/500 2026-03-25 02:24 by 清风拂扬。 m
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
信息提示
请填处理意见