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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助蛋白质分子和底物对接的高手
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sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 求助蛋白质分子和底物对接的高手

想做一个蛋白质分子与辅酶和底物对接的模型，一般用什么软件比较靠谱，有高手可以做吗？
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1楼 2017-06-10 08:17:24
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hclwonder

新虫 (正式写手)
这个得具体看，如果该酶有已知的晶体结构，有已知的活性位点信息，并且待对接底物的可旋转键不是很多，那对接结果一般是可信的。反之，则可信度就差一些。

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2楼2017-06-10 08:38:34
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sootiey

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 08:38:34
这个得具体看，如果该酶有已知的晶体结构，有已知的活性位点信息，并且待对接底物的可旋转键不是很多，那对接结果一般是可信的。反之，则可信度就差一些。

没有晶体结构，只用swiss-model做了建模，底物是丙酮酸和NH4+，辅酶是NADH，以前用Autoduck做过，但效果不理想
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3楼2017-06-10 08:50:05
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sootiey at 2017-06-10 08:50:05
没有晶体结构，只用swiss-model做了建模，底物是丙酮酸和NH4+，辅酶是NADH，以前用Autoduck做过，但效果不理想...

有同源性较高的模板吗？有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢？
如果有，应该还可以做的。

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4楼2017-06-10 10:43:40
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sootiey

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 10:43:40
有同源性较高的模板吗？有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢？
如果有，应该还可以做的。
...

有同源性比较高的酶，上次的建模也是用的一个同源性比较高的模板，有相关文献已经做个这个酶和底物作用的分子解析，他们采用的蛋白晶体制作的模型。请教如果可以做的话用什么软件比较好？你做过类似的模型吗？
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5楼2017-06-10 23:47:12
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sootiey at 2017-06-10 23:47:12
有同源性比较高的酶，上次的建模也是用的一个同源性比较高的模板，有相关文献已经做个这个酶和底物作用的分子解析，他们采用的蛋白晶体制作的模型。请教如果可以做的话用什么软件比较好？你做过类似的模型吗？...

gold、glide准确性较好，我最熟悉的是moe的对接模块（可以调用gold），glide只会常规对接，高级用法不熟。
最近帮人做了个，两个底物一个铁离子的，其中一个底物与铁离子是根据另一个结构确定的位置，剩下一个底物是对接的。

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6楼2017-06-11 11:09:49
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谁家那小孩

木虫 (正式写手)
已私信

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追随时间的脚步实现他日的梦想
7楼2017-06-11 11:42:52
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pozaiyyp

新虫 (小有名气)
请问你的分子对接做出来了吗?我最近也需要做，能分享一下你的软件和教程等资料吗？跪谢了！
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8楼2017-06-26 20:24:25
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