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sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 求助蛋白质分子和底物对接的高手

想做一个蛋白质分子与辅酶和底物对接的模型,一般用什么软件比较靠谱,有高手可以做吗?
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hclwonder

新虫 (正式写手)

这个得具体看,如果该酶有已知的晶体结构,有已知的活性位点信息,并且待对接底物的可旋转键不是很多,那对接结果一般是可信的。反之,则可信度就差一些。

发自小木虫Android客户端
2楼2017-06-10 08:38:34
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sootiey

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 08:38:34
这个得具体看,如果该酶有已知的晶体结构,有已知的活性位点信息,并且待对接底物的可旋转键不是很多,那对接结果一般是可信的。反之,则可信度就差一些。

没有晶体结构,只用swiss-model做了建模,底物是丙酮酸和NH4+,辅酶是NADH,以前用Autoduck做过,但效果不理想
3楼2017-06-10 08:50:05
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sootiey at 2017-06-10 08:50:05
没有晶体结构,只用swiss-model做了建模,底物是丙酮酸和NH4+,辅酶是NADH,以前用Autoduck做过,但效果不理想...

有同源性较高的模板吗?有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢?
如果有,应该还可以做的。

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4楼2017-06-10 10:43:40
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sootiey

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-10 10:43:40
有同源性较高的模板吗?有没有同源的酶结构或其它信息来帮助确定NADH的结合位点甚至结合模式呢?
如果有,应该还可以做的。
...

有同源性比较高的酶,上次的建模也是用的一个同源性比较高的模板,有相关文献已经做个这个酶和底物作用的分子解析,他们采用的蛋白晶体制作的模型。请教如果可以做的话用什么软件比较好?你做过类似的模型吗?
5楼2017-06-10 23:47:12
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sootiey at 2017-06-10 23:47:12
有同源性比较高的酶,上次的建模也是用的一个同源性比较高的模板,有相关文献已经做个这个酶和底物作用的分子解析,他们采用的蛋白晶体制作的模型。请教如果可以做的话用什么软件比较好?你做过类似的模型吗?...

gold、glide准确性较好,我最熟悉的是moe的对接模块(可以调用gold),glide只会常规对接,高级用法不熟。
最近帮人做了个,两个底物一个铁离子的,其中一个底物与铁离子是根据另一个结构确定的位置,剩下一个底物是对接的。

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6楼2017-06-11 11:09:49
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谁家那小孩

木虫 (正式写手)

追随时间的脚步实现他日的梦想
7楼2017-06-11 11:42:52
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pozaiyyp

新虫 (小有名气)

请问你的分子对接做出来了吗?我最近也需要做,能分享一下你的软件和教程等资料吗?跪谢了!
8楼2017-06-26 20:24:25
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