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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » CHIP超声破碎条件咨询？
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znn19900505

铜虫 (小有名气)

[交流] CHIP超声破碎条件咨询？

有人做过MEF 细胞的超声破碎吗?aim to make the average size less than 500bp 但是几次摸索超声条件以后跑胶后的条带仍然不理想，只有一条带且大小在100bp以下，（超声条件25cycle 30s ON 30s OFF）所以想问一下，MEF 细胞超声破碎的大致条件？请高手指教！还有想问一下配置的lysis buffer的保存条件以及lysis buffer 里面的protease inhibitors 是不是必须用现加？

CHIP超声破碎条件咨询？
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CHIP超声破碎条件咨询？-1
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1楼 2017-06-06 09:24:37
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MulanQahar

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你是要做chip_seq

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2楼2017-06-16 01:14:59
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MulanQahar

金虫 (正式写手)
我也正好用这个细胞。条件是，30cycles, high level, 30s on, 30s off

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3楼2017-06-16 01:16:33
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MulanQahar

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
还有DNA fragment size peak 200bp 左右最佳。还有很重要的一件是就是，lysis buffer 的添加量直接影响sonication result. 所以要找好那个适当的量。最后，在走下一步之前，check 好size,

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4楼2017-06-16 01:22:19
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MulanQahar

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-06-16 08:05:46
如果你是要做，chip seq ， 那么在lysis buffer 里不用加protease inhibitor, 因为后面的实验中，解除cross link 后有这个过程。不加 protease inhibitors 的lysis buffer 室温保存。

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5楼2017-06-16 01:28:29
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xdngke26
6楼2017-08-19 09:06:19
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qfgskz056
7楼2017-08-19 10:39:09
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hkemwh45
8楼2017-08-19 18:15:44
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xdngke26
9楼2017-08-21 07:33:33
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qfgskz056
10楼2017-08-21 09:15:38
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