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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs力场中二面角的力常数取值问题！
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs力场中二面角的力常数取值问题！

请问在gromacs中，当二面角的funct定义为1时，二面角的力常数的值是取Kφ还是1/2Kφ？我发现在AMBER力场中当funct=2时，improper二面角的力常数值取1/2Kφ，是不是当funct=1时也这样取值呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:39 ]
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1楼 2009-01-13 12:07:42
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢！
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2009-1-13 14:24:
就是用这种二面角公式1/2Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时，二面角力常数的值取Kφ？可为什么在AMBER力场中当funct=2时，improper二面角的力常数值取1/2Kφ呢？
能在哪里找到依据吗？

你选力场中Kφ是对应公式里的Kφ，实际计算是按照公式，既是乘上0.5；
improper二面角一般是保持分子特殊构型而设的，比如说保持共面或者是四面体结构，其力场参数一般是另外给出的，不同的力场可能有很大的差别，所以尽量为所有原子选用同一个力场里的参数。
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4楼2009-01-14 12:40:44
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！
当二面角的funct定义为1时，二面角的力常数的值是取Kφ
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2楼2009-01-13 12:21:35
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suny2005

木虫 (小有名气)
就是用这种二面角公式1/2Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时，二面角力常数的值取Kφ？可为什么在AMBER力场中当funct=2时，improper二面角的力常数值取1/2Kφ呢？
能在哪里找到依据吗？
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3楼2009-01-13 14:24:06
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suny2005

木虫 (小有名气)
不好意思xuefei06！现在好像有点晕了！
你得意思是不是指，当二面角的力场公式是Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时，则top文件中二面角的力常数取Kφ？
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5楼2009-01-14 15:11:25
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