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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs力场中二面角的力常数取值问题!

请问在gromacs中,当二面角的funct定义为1时,二面角的力常数的值是取Kφ还是1/2Kφ?我发现在AMBER力场中当funct=2时,improper二面角的力常数值取1/2Kφ,是不是当funct=1时也这样取值呢?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:39 ]
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢!
当二面角的funct定义为1时,二面角的力常数的值是取Kφ
2楼2009-01-13 12:21:35
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suny2005

木虫 (小有名气)

就是用这种二面角公式1/2Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时,二面角力常数的值取Kφ?可为什么在AMBER力场中当funct=2时,improper二面角的力常数值取1/2Kφ呢?
能在哪里找到依据吗?
3楼2009-01-13 14:24:06
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢!
引用回帖:
Originally posted by suny2005 at 2009-1-13 14:24:
就是用这种二面角公式1/2Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时,二面角力常数的值取Kφ?可为什么在AMBER力场中当funct=2时,improper二面角的力常数值取1/2Kφ呢?
能在哪里找到依据吗?

你选力场中Kφ是对应公式里的Kφ,实际计算是按照公式,既是乘上0.5;
improper二面角一般是保持分子特殊构型而设的,比如说保持共面或者是四面体结构,其力场参数一般是另外给出的,不同的力场可能有很大的差别,所以尽量为所有原子选用同一个力场里的参数。
4楼2009-01-14 12:40:44
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suny2005

木虫 (小有名气)

不好意思xuefei06!现在好像有点晕了!
你得意思是不是指,当二面角的力场公式是Kφ[1+cos(n*phi-gamma)]时,则top文件中二面角的力常数取Kφ?
5楼2009-01-14 15:11:25
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