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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属? 已有1人参与

我提了未知真菌的基因,用ITS引物进行扩增,后送去测序,得到的序列在ncbi网站上进行blast,然后结果出来后如何从这些对比中来确定种属,如下图,我如何从这几个参数中确定?哪个参数最重要最具参考价值?请虫友帮忙解答,谢谢!

在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属?
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事在人为
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2楼2017-06-05 18:02:57
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不懂事的我

新虫 (正式写手)


小冀-: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-06-06 08:55:10
比对结果的第一个参考价值比较大,差不服就相近物种

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-06 08:51:54
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小冀-

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
方少贤: 金币+7, ★★★很有帮助 2017-06-07 09:37:37
看E-value值和总分,E-value值相当小,总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了
···
4楼2017-06-06 08:54:55
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小冀- at 2017-06-06 08:54:55
看E-value值和总分,E-value值相当小,总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了

总分就是指total score吗?E-value值都是0,另外iden和query cover这两项该怎么分析,有多少参考价值?谢谢!
事在人为
5楼2017-06-06 11:30:41
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
3楼: Originally posted by 不懂事的我 at 2017-06-06 08:51:54
比对结果的第一个参考价值比较大,差不服就相近物种

如果前边几个都相同的话可能就是这个物种,但是如果从第二个开始就不一样了,这样该怎么分析呢?谢谢!
事在人为
6楼2017-06-06 11:32:03
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
2楼: Originally posted by Alex1 at 2017-06-05 18:02:57

这位虫友是同问?
事在人为
7楼2017-06-06 11:32:30
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小冀-

版主 (著名写手)

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引用回帖:
5楼: Originally posted by 方少贤 at 2017-06-06 11:30:41
总分就是指total score吗?E-value值都是0,另外iden和query cover这两项该怎么分析,有多少参考价值?谢谢!...

E-value是0,iden是100或者99的话,估计就可以确定了~
···
8楼2017-06-06 14:18:22
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
8楼: Originally posted by 小冀- at 2017-06-06 14:18:22
E-value是0,iden是100或者99的话,估计就可以确定了~...

如果ident值不是那么高,该如何分析跟哪个物种更相近呢,怎么结合这几项指标去分析?
事在人为
9楼2017-06-07 17:06:26
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小冀-

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【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 方少贤 at 2017-06-07 17:06:26
如果ident值不是那么高,该如何分析跟哪个物种更相近呢,怎么结合这几项指标去分析?...

你看下面这两张图,是对同一条序列进行的blast比对结果,从结果上看,e-value和query-cover都是一样的,evalue为0,query为100,但是他们的score和ident是不一样的,但是比对出来的结果却是一样的,所以看的时候先看evalue,为0或者很小,ident大于97%以上,可以基本确定就是来源于同一个种属的
在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属?-1
捕获.PNG


在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属?-2
捕获1.PNG

···
10楼2017-06-08 14:11:42
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