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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属? 已有1人参与

我提了未知真菌的基因,用ITS引物进行扩增,后送去测序,得到的序列在ncbi网站上进行blast,然后结果出来后如何从这些对比中来确定种属,如下图,我如何从这几个参数中确定?哪个参数最重要最具参考价值?请虫友帮忙解答,谢谢!

在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属?
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事在人为
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不懂事的我

新虫 (正式写手)


小冀-: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-06-06 08:55:10
比对结果的第一个参考价值比较大,差不服就相近物种

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-06 08:51:54
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查看全部 10 个回答
2楼2017-06-05 18:02:57
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
方少贤: 金币+7, ★★★很有帮助 2017-06-07 09:37:37
看E-value值和总分,E-value值相当小,总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了
···
4楼2017-06-06 08:54:55
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小冀- at 2017-06-06 08:54:55
看E-value值和总分,E-value值相当小,总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了

总分就是指total score吗?E-value值都是0,另外iden和query cover这两项该怎么分析,有多少参考价值?谢谢!
事在人为
5楼2017-06-06 11:30:41
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