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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子运动模拟

如图,我想将上方红色的分子向上运动离开下面的槽结构,但是由于周期性原因遭到顶部原子的阻挡,该怎么解决??

lammps分子运动模拟
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11B329

金虫 (正式写手)

在弛豫的过程中这种情况应该肯定会发生的吧,有温度下面又有空间,分子扩散很合理呀。你说的让分子向上运动是什么意思?

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往前走吧!
2楼2017-06-08 09:05:00
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-08 09:05:00
在弛豫的过程中这种情况应该肯定会发生的吧,有温度下面又有空间,分子扩散很合理呀。你说的让分子向上运动是什么意思?

真的谢谢您的关注。我是想让红色的体系向上运动,这几天尝试我发现是由于整个结构的最上方出现了一层本应该在最下面的金属原子,这导致了红色体系向上运动受阻!那么我觉得是MS建模的问题,但是我在MS导出文件之前并没有发现上方有原子,所以不知道该如何解决了

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3楼2017-06-08 23:53:23
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)

试试选用非周期性边界条件

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4楼2017-06-09 10:13:43
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sdwawa at 2017-06-09 10:13:43
试试选用非周期性边界条件

我改用周期性边界条件,发现是由于体系最上方出现了一层金属原子阻止了红色体系运动,这个该怎么解决

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5楼2017-06-09 14:36:53
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangdongjiao at 2017-06-09 14:36:53
我改用周期性边界条件,发现是由于体系最上方出现了一层金属原子阻止了红色体系运动,这个该怎么解决
...

打错了,是非周期性边界条件

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6楼2017-06-09 14:37:41
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)

象这个应该是z方向为非周期性条件。最上方出现原子感觉是周期性的结果,你可以持续输出结构看一下

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7楼2017-06-12 08:31:36
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sdwawa at 2017-06-12 08:31:36
象这个应该是z方向为非周期性条件。最上方出现原子感觉是周期性的结果,你可以持续输出结构看一下

谢谢您的回答,这几天我重新建模,发现这是MS模型导出的原因
8楼2017-06-12 10:13:16
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