24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1901  |  回复: 7

yangdongjiao

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子运动模拟

如图,我想将上方红色的分子向上运动离开下面的槽结构,但是由于周期性原因遭到顶部原子的阻挡,该怎么解决??

lammps分子运动模拟
54I8T@RS{(RZI1}NYXGJ7TG.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

11B329

金虫 (正式写手)

在弛豫的过程中这种情况应该肯定会发生的吧,有温度下面又有空间,分子扩散很合理呀。你说的让分子向上运动是什么意思?

发自小木虫Android客户端
往前走吧!
2楼2017-06-08 09:05:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-08 09:05:00
在弛豫的过程中这种情况应该肯定会发生的吧,有温度下面又有空间,分子扩散很合理呀。你说的让分子向上运动是什么意思?

真的谢谢您的关注。我是想让红色的体系向上运动,这几天尝试我发现是由于整个结构的最上方出现了一层本应该在最下面的金属原子,这导致了红色体系向上运动受阻!那么我觉得是MS建模的问题,但是我在MS导出文件之前并没有发现上方有原子,所以不知道该如何解决了

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-08 23:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdwawa

铜虫 (初入文坛)

试试选用非周期性边界条件

发自小木虫Android客户端
4楼2017-06-09 10:13:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sdwawa at 2017-06-09 10:13:43
试试选用非周期性边界条件

我改用周期性边界条件,发现是由于体系最上方出现了一层金属原子阻止了红色体系运动,这个该怎么解决

发自小木虫Android客户端
5楼2017-06-09 14:36:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangdongjiao at 2017-06-09 14:36:53
我改用周期性边界条件,发现是由于体系最上方出现了一层金属原子阻止了红色体系运动,这个该怎么解决
...

打错了,是非周期性边界条件

发自小木虫Android客户端
6楼2017-06-09 14:37:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdwawa

铜虫 (初入文坛)

象这个应该是z方向为非周期性条件。最上方出现原子感觉是周期性的结果,你可以持续输出结构看一下

发自小木虫Android客户端
7楼2017-06-12 08:31:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangdongjiao

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sdwawa at 2017-06-12 08:31:36
象这个应该是z方向为非周期性条件。最上方出现原子感觉是周期性的结果,你可以持续输出结构看一下

谢谢您的回答,这几天我重新建模,发现这是MS模型导出的原因
8楼2017-06-12 10:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yangdongjiao 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 3/150 2026-04-19 21:44 by 淡雅人生27
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +7 喽哈加油 2026-04-13 8/400 2026-04-19 20:21 by Equinoxhua
[考研] 297,工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考博] 申博自荐 +4 Linxia林夏 2026-04-13 4/200 2026-04-19 19:55 by Equinoxhua
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 327求调剂 +27 Xxjc1107. 2026-04-13 30/1500 2026-04-19 08:22 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考博] 申博/考博 +3 啃面包的小书虫 2026-04-17 4/200 2026-04-17 23:54 by 阳阳阳^_^
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +10 否极泰来2026 2026-04-15 12/600 2026-04-17 17:54 by mapenggao
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考研] 297,工科调剂?河南农业大学本科 +14 河南农业大学-能 2026-04-14 14/700 2026-04-16 14:41 by dingyanbo1
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
信息提示
请填处理意见