| 查看: 2433 | 回复: 9 | |||
| 【奖励】 本帖被评价4次，作者beefly增加金币 4 个 | |||
[资源]
【分享】Fujitsu MOPAC 2006.1 for AIX Power5并行版
|
|||
|
http://www.ualberta.ca/dept/chem ... Power5_Parallel.tar 这个license是硬件绑定的，仅供参考： http://www.ualberta.ca/dept/chem ... 5/bin/MOPAC.license 简介 MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序，用于研究气体，溶液和固体的化学特性，包括Gibbs自由能，活化能，反应路径，偶极矩，非线性光学特性以及红外光谱，等。它还可以用做为结构-特性（或活性）定量的基础，预测生物学及其它特性，包括致癌性，蒸汽压，水溶解性，反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算，在PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系，诸如蛋白质，聚合物，半导体和晶体，它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。 此外，MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块（目前版本是5.0）。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面，但可以和CAChe，LinMOPAC，WinMOPAC，HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。 MOPAC早先作为免费软件发布，最高版本为MOPAC 7.0。此后成为Fujitsu公司的商业软件。最高版本是MOPAC 2006。2004年 以后，MOPAC原作者J. J. P. Stewart离开了Fujitsu公司，在MOPAC 7.0的基础上继续独立开发MOPAC。见MOPAC 2007。 功能 MOPAC 1. 计算方法有：在MOPAC中有：AM1，AM1-d，PM3，MNDO，MNDO-d，MINDO/3；在MOS-F中有：CNDO/2，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3，INDO/S。适用原子： MINDO/3（H，B，C，N，O，F，Si，P，S，Cl）； MNDO (1977)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，S，Cb）； AM1（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，V，Fe，Cu，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Mo，Pd，Ag，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Pt，Hg，Tl，Pb，Bi，Si，S，Cb）； PM3 (1985)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Ti，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，Cb）； PM5（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi）； mndo_d（Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，Zn，Br，Cd，I，Hg）。 2. 可以进行的计算有：几何优化，过渡态结构，激发态结构，线性标度SCF计算(MOZYME方法)，反应坐标能量图，热构成（气相或溶液），简正模式振动分析，溶剂特性（气相，水，辛醇，等），IR光谱，原子电荷，极化率，偶极矩，分子轨道，电子密度，梯度范数，力，能量分配，ESP原子电荷，键序，参量化分子静电势，体系间交叉结构，氨基酸片断顺序的结构分析，IRC/DRC。 3. 支持的输入文件格式：MOPAC，MOS-F，Gaussian输入文件(*.gjf)，Gaussian fchk文件(*.fch)，Cartesian文件(*.car)，PDB。 4. XMO工具可以显示分子。 MOS-F 1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3和CNDO/2等的计算。 2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算，支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。 3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。 4. 分子特性计算：含频率极化率，静态第一超极化率，电-光泡克尔效应，产生二次谐波，光学检波，静态第二超极化率，包含克尔效应的直流电场，包含二次谐波的直流电场，产生三次谐波，简并四波混频，包含光学检波的直流电场。 5. 用Onsager模型进行SCRF计算，预测溶液中的分子特性：CIS/RPA波函的电子光谱；用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩；用CIS波函计算含频率极化率，第一超极化率，和第二超极化率。 6. 解析的Pariser-Parr，Nishimoto-Mataga，Nishimoto-Mataga-Weiss，Ohno，Ohno-Klopman，和DasGupta-Huzinaga公式，用于求解双中心电子排斥积分。 7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。 8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。 9. 对溶质，自动计算空穴半径；通过指定溶剂名称，自动设置介电常数和折射率。 10.改善SCF收敛的DIIS方法。 11.转动常数；惯量主轴和偶极矩的夹角。 MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能： 1. MINDO，AM1，PM3，PM5新增加对13种过渡金属（Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt）的支持。 2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1，PM3，PM5计算电子光谱，支持更多的元素；考虑溶剂影响；计算极化率和超极化率；直接SCF方法；快速的直接四指数积分变换方法。 3. 线性标度COSMO方法，能够对大分子进行COSMO计算。 MOPAC2006 1.0新增功能： MOS-F模块：ROHF + CIS计算开壳层分子激发态，QM/MM-CIS/RPA计算生物大分子的激发态，INDO/S新增对Li, F, Mg, Si, P, S, Zn的支持，LAPACK提高了矩阵对角化计算的速度。 MOPAC模块：单点、几何优化、振动频率和COSMO实现并行，周期边界条件。 [ Last edited by mingdong on 2009-1-14 at 20:07 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 software |
» 猜你喜欢
哈尔滨理工大学物理系招收物理学考研调剂
已经有7人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂
已经有5人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有279人回复
-
求调剂
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂有论文
已经有0人回复
-
请问还有没有用Latex写文章的小伙伴们？
已经有0人回复
-
光学工程学硕调剂信息
已经有31人回复
-
欢迎加入课题组
已经有0人回复
-
散金币，求好运，祝面上顺利！
已经有72人回复
-
华东师范大学芯片设计徐珑真实水平咋样
已经有1人回复
-
调剂
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- [size=5][font=黑体]3月份考博急求清华住宿和中国艺术研究院的住宿联系
已经有5人回复
- vasp并行测试时出错。
已经有7人回复
- cp2k并行编译出错
已经有3人回复
- 安装Materials Studio 5.5 for Windows出错
已经有10人回复
- 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
已经有14人回复
- 请问MS-linux-cluster安装之后无法并行的问题？
已经有5人回复
- 【分享】超强数据恢复Power Data Recovery 5.0黄金版（价值千元）【已搜索无重复】
已经有30人回复
- 有没有人关注fortran语言的GPU并行呢？
已经有12人回复
- 【讨论】gromacs 并行 mpirun
已经有4人回复
- 【求助】更改源代码 并行出问题
已经有9人回复
- 己解决--DS v2.5 for Windows 的Protocol不能用!
已经有13人回复
2楼2009-01-12 15:33:59
3楼2009-01-12 19:33:24
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 12-7 05:52
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 12-7 05:52
|
简介 MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序，用于研究气体，溶液和固体的化学特性，包括Gibbs自由能，活化能，反应路径，偶极矩，非线性光学特性以及红外光谱，等。它还可以用做为结构-特性（或活性）定量的基础，预测生物学及其它特性，包括致癌性，蒸汽压，水溶解性，反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算，在PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系，诸如蛋白质，聚合物，半导体和晶体，它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。 此外，MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块（目前版本是5.0）。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面，但可以和CAChe，LinMOPAC，WinMOPAC，HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。 MOPAC早先作为免费软件发布，最高版本为MOPAC 7.0。此后成为Fujitsu公司的商业软件。最高版本是MOPAC 2006。2004年 以后，MOPAC原作者J. J. P. Stewart离开了Fujitsu公司，在MOPAC 7.0的基础上继续独立开发MOPAC。见MOPAC 2007。 功能 MOPAC 1. 计算方法有：在MOPAC中有：AM1，AM1-d，PM3，MNDO，MNDO-d，MINDO/3；在MOS-F中有：CNDO/2，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3，INDO/S。适用原子： MINDO/3（H，B，C，N，O，F，Si，P，S，Cl）； MNDO (1977)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，S，Cb）； AM1（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，V，Fe，Cu，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Mo，Pd，Ag，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Pt，Hg，Tl，Pb，Bi，Si，S，Cb）； PM3 (1985)（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Ti，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi，Cb）； PM5（H，Li，Be，B，C，N，O，F，Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，K，Ca，Zn，Ga，Ge，As，Se，Br，Rb，Sr，Cd，In，Sn，Sb，Te，I，Cs，Ba，Hg，Tl，Pb，Bi）； mndo_d（Na，Mg，Al，Si，P，S，Cl，Zn，Br，Cd，I，Hg）。 2. 可以进行的计算有：几何优化，过渡态结构，激发态结构，线性标度SCF计算(MOZYME方法)，反应坐标能量图，热构成（气相或溶液），简正模式振动分析，溶剂特性（气相，水，辛醇，等），IR光谱，原子电荷，极化率，偶极矩，分子轨道，电子密度，梯度范数，力，能量分配，ESP原子电荷，键序，参量化分子静电势，体系间交叉结构，氨基酸片断顺序的结构分析，IRC/DRC。 3. 支持的输入文件格式：MOPAC，MOS-F，Gaussian输入文件(*.gjf)，Gaussian fchk文件(*.fch)，Cartesian文件(*.car)，PDB。 4. XMO工具可以显示分子。 MOS-F 1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S，CNDO/S，CNDO/S2，CNDO/S3和CNDO/2等的计算。 2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算，支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。 3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。 4. 分子特性计算：含频率极化率，静态第一超极化率，电-光泡克尔效应，产生二次谐波，光学检波，静态第二超极化率，包含克尔效应的直流电场，包含二次谐波的直流电场，产生三次谐波，简并四波混频，包含光学检波的直流电场。 5. 用Onsager模型进行SCRF计算，预测溶液中的分子特性：CIS/RPA波函的电子光谱；用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩；用CIS波函计算含频率极化率，第一超极化率，和第二超极化率。 6. 解析的Pariser-Parr，Nishimoto-Mataga，Nishimoto-Mataga-Weiss，Ohno，Ohno-Klopman，和DasGupta-Huzinaga公式，用于求解双中心电子排斥积分。 7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。 8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。 9. 对溶质，自动计算空穴半径；通过指定溶剂名称，自动设置介电常数和折射率。 10.改善SCF收敛的DIIS方法。 11.转动常数；惯量主轴和偶极矩的夹角。 MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能： 1. MINDO，AM1，PM3，PM5新增加对13种过渡金属（Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt）的支持。 2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1，PM3，PM5计算电子光谱，支持更多的元素；考虑溶剂影响；计算极化率和超极化率；直接SCF方法；快速的直接四指数积分变换方法。 3. 线性标度COSMO方法，能够对大分子进行COSMO计算。 MOPAC2006 1.0新增功能： MOS-F模块：ROHF + CIS计算开壳层分子激发态，QM/MM-CIS/RPA计算生物大分子的激发态，INDO/S新增对Li, F, Mg, Si, P, S, Zn的支持，LAPACK提高了矩阵对角化计算的速度。 MOPAC模块：单点、几何优化、振动频率和COSMO实现并行，周期边界条件。 |
4楼2009-01-13 03:40:53
5楼2009-01-20 20:23:22
7楼2009-12-07 05:52:30
8楼2009-12-22 10:44:36
9楼2009-12-22 13:04:07
简单回复
xwj0076楼
2009-01-23 13:40
回复
mingdong10楼
2009-12-28 13:12
回复
40