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larameme

新虫 (初入文坛)

[求助] q-PCR 已有1人参与

请教各位大神,RNA提出来以后反转录的cDNA扩不出来目的基因片段,但是基因组DNA能扩出来,这是什么原因?

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wusofa

金虫 (小有名气)

蛋白RNA相互作用研究

【答案】应助回帖

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RNA抽提失败,RNA降解,或者表达量太低都有可能

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2楼2017-05-27 13:35:11
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larameme

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wusofa at 2017-05-27 13:35:11
RNA抽提失败,RNA降解,或者表达量太低都有可能

会不会是引物的问题

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3楼2017-05-30 21:28:57
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wusofa

金虫 (小有名气)

蛋白RNA相互作用研究

引用回帖:
3楼: Originally posted by larameme at 2017-05-30 21:28:57
会不会是引物的问题
...

你不是基因组DNA能P出来吗?所以引物有问题的可能性不大
4楼2017-05-31 08:32:23
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larameme

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wusofa at 2017-05-31 08:32:23
你不是基因组DNA能P出来吗?所以引物有问题的可能性不大...

RNA当时提出来后跑完电泳显示较大的那两条带清晰可见,最小的那条带没有,浓度在100ng/ul左右,A260/A280为2.0。反转录成cDNA的浓度在1200-1300ng/ul之间!我觉得RNA质量和cDNA都没什么问题啊!

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5楼2017-05-31 17:52:01
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hill05

新虫 (小有名气)

可能你取的样品中,基因的表达量低。或者你的目的片段过大,对cDNA的要求更高。

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6楼2017-05-31 18:01:50
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larameme

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by hill05 at 2017-05-31 18:01:50
可能你取的样品中,基因的表达量低。或者你的目的片段过大,对cDNA的要求更高。

能详细解释一下第一种可能性吗?我的目的基因片段在100-200bp之间,第二种可能性不太大

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7楼2017-05-31 18:12:34
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wusofa

金虫 (小有名气)

蛋白RNA相互作用研究

引用回帖:
7楼: Originally posted by larameme at 2017-05-31 18:12:34
能详细解释一下第一种可能性吗?我的目的基因片段在100-200bp之间,第二种可能性不太大
...

你的cDNA怎么定量的?
一般cDNA是不能定量的,因为A280定量的依据是碱基对280nM的光有吸收,逆转的时候我们加的dNTP是过量的,所以cDNA是定量不了的,除非你逆转录之后再做一部纯化。cDNA的量一般用RNA当量表示。比如你逆转的时候用的1ug RNA,就认为cDNA相当于1ug。
所以P不出来,要么就是你P的RNA表达量太低,要么就是降解了,不然就可能逆转出问题了
8楼2017-06-01 09:41:12
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