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朙天儿

至尊木虫 (著名写手)

☪望者★★

[求助] CAU-1,此MOF的cif结构加氢与精修

从ccdc调入CAU-1的cif文件后,由于无序使得氨基-NH2在芳环有4个等价位,同时结构的氢H是没有的,显示在MS里后,氨基显示了4个等价位的位置,同时N的个数是对的,即并未×4。
在自动加氢之后,H加在四个等价位置,数目8个,然而本应该是一个-NH2 + 另外3个等价位的芳环H,总数为(2+3=) 5 才对。

问题1:

MS操作中,手动每画一次就自动加2H或4H,原因?
(1)如何在芳环4个等价位正确加H?(-NH2和3个芳环H)
(2)如何在-OCH3(-OMe)的-CH3处正确加3H?
(3)如何在-OH处正确加1H?

问题2:
在MS里自动加氢,使用1×1×1晶胞还是更多晶胞supercell加氢比较好,盒子边缘应该没有影响吧。
可是不同晶胞数自动加氢时会加到不同位置上,使得不是整数倍增长,是不是一定要手动调整?有何好的技巧?

问题3:
选用哪个软件修结构更好,Mercury?Diamond?Materials Studio?或其他?

CAU-1,此MOF的cif结构加氢与精修
AromaticRing-4NH2.jpg


CAU-1,此MOF的cif结构加氢与精修-1
AromaticRing-NH2.jpg


CAU-1,此MOF的cif结构加氢与精修-2
HO-Al6-OCH3_2.jpg


CAU-1,此MOF的cif结构加氢与精修-3
MOF.jpg
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入世而生,缘梦而行,随兴而栖,执念而逝。待几世放下我执?
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小棉cc

新虫 (初入文坛)

你好,你的MOF-5 cif文件能发我一份吗
2楼2017-12-26 11:55:21
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