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朙天儿至尊木虫 (著名写手)
☪望者★★
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[求助]
CAU-1，此MOF的cif结构加氢与精修
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从ccdc调入CAU-1的cif文件后，由于无序使得氨基-NH2在芳环有4个等价位，同时结构的氢H是没有的，显示在MS里后，氨基显示了4个等价位的位置，同时N的个数是对的，即并未×4。 在自动加氢之后，H加在四个等价位置，数目8个，然而本应该是一个-NH2 + 另外3个等价位的芳环H，总数为(2+3=) 5 才对。 问题1： MS操作中，手动每画一次就自动加2H或4H，原因？ （1）如何在芳环4个等价位正确加H？（-NH2和3个芳环H） （2）如何在-OCH3（-OMe）的-CH3处正确加3H？ （3）如何在-OH处正确加1H？ 问题2： 在MS里自动加氢，使用1×1×1晶胞还是更多晶胞supercell加氢比较好，盒子边缘应该没有影响吧。 可是不同晶胞数自动加氢时会加到不同位置上，使得不是整数倍增长，是不是一定要手动调整？有何好的技巧？ 问题3： 选用哪个软件修结构更好，Mercury？Diamond？Materials Studio？或其他？  AromaticRing-4NH2.jpg  AromaticRing-NH2.jpg  HO-Al6-OCH3_2.jpg  MOF.jpg |
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2楼2017-12-26 11:55:21
