24小时热门版块排行榜

返回列表

朙天儿

至尊木虫 (著名写手)

☪望者★★

应助: 2 (幼儿园)
金币: 12575.6
散金: 339
红花: 54
帖子: 2529
在线: 276.4小时
虫号: 570403
注册: 2008-06-07
专业: 理论和计算化学

[求助] CAU-1，此MOF的cif结构加氢与精修

从ccdc调入CAU-1的cif文件后，由于无序使得氨基-NH2在芳环有4个等价位，同时结构的氢H是没有的，显示在MS里后，氨基显示了4个等价位的位置，同时N的个数是对的，即并未×4。
在自动加氢之后，H加在四个等价位置，数目8个，然而本应该是一个-NH2 + 另外3个等价位的芳环H，总数为(2+3=) 5 才对。

问题1：

MS操作中，手动每画一次就自动加2H或4H，原因？
（1）如何在芳环4个等价位正确加H？（-NH2和3个芳环H）
（2）如何在-OCH3（-OMe）的-CH3处正确加3H？
（3）如何在-OH处正确加1H？

问题2：
在MS里自动加氢，使用1×1×1晶胞还是更多晶胞supercell加氢比较好，盒子边缘应该没有影响吧。
可是不同晶胞数自动加氢时会加到不同位置上，使得不是整数倍增长，是不是一定要手动调整？有何好的技巧？

问题3：
选用哪个软件修结构更好，Mercury？Diamond？Materials Studio？或其他？

AromaticRing-4NH2.jpg