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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助read_data读文件
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hym5701

木虫 (小有名气)

[求助] 求助read_data读文件 已有2人参与

大家好，刚开始接触lammps，有些地方不理解请大家帮忙看看，到底哪里出问题了。我的问题是想重复flow例子，但是模型不想按照晶格的方式创建原子，而是想通过read_data方式从文件读入，可是总是出错，总是提示：No atoms in data file？我把in文件和data文件贴出来，大家帮我看看，谢谢！
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    • 2017-05-18 18:20:16, 13.47 K
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    • 2017-05-18 18:24:57, 1.63 K

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1楼 2017-05-18 18:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong
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2楼2017-05-18 18:45:08
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hym5701: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 虽然不知道为什么你的可以运行而我的不可以，但是还是很感谢你！ 2017-05-19 20:55:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-19 14:08:18
really？

那你能把运行的结果输出来吗？在VMD里看看他的模型是什么样的？
data.bf  里面的原子坐标都是0，我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题，他估计就无所适从了。...

结果是这样的，我注释掉了楼主input文件里的dump movie，改成xyz之后，用vmd打开的
求助read_data读文件
Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
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7楼2017-05-19 19:05:53
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普通回帖

hym5701

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 18:45:08
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong

能不能解释一下啊！具体点，谢谢！英语

发自小木虫Android客户端
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3楼2017-05-18 21:43:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hym5701 at 2017-05-18 21:43:06
能不能解释一下啊！具体点，谢谢！英语
...

不

发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-19 06:20:54
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试着运行了一下楼主的文件，没发现有什么问题，可以运行
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5楼2017-05-19 08:36:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 08:36:41
试着运行了一下楼主的文件，没发现有什么问题，可以运行

really？

那你能把运行的结果输出来吗？在VMD里看看他的模型是什么样的？
data.bf  里面的原子坐标都是0，我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题，他估计就无所适从了。
赞一下 回复此楼
6楼2017-05-19 14:08:18
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cly001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 19:05:53
结果是这样的，我注释掉了楼主input文件里的dump movie，改成xyz之后，用vmd打开的

Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
...

data文件有问题
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8楼2017-05-20 15:00:20
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cly001

新虫 (初入文坛)
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的，还是通过其他模型转化的。
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9楼2017-05-20 15:04:37
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hym5701

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by cly001 at 2017-05-20 15:04:37
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的，还是通过其他模型转化的。

先通过MS建模型，然后输出car格式，接着用msi2lmp就可以得到data文件。

发自小木虫Android客户端
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10楼2017-05-20 20:38:21
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