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hym5701

木虫 (小有名气)

[求助] 求助read_data读文件 已有2人参与

大家好,刚开始接触lammps,有些地方不理解请大家帮忙看看,到底哪里出问题了。我的问题是想重复flow例子,但是模型不想按照晶格的方式创建原子,而是想通过read_data方式从文件读入,可是总是出错,总是提示:No atoms in data file?我把in文件和data文件贴出来,大家帮我看看,谢谢!
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
2楼2017-05-18 18:45:08
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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hym5701: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 虽然不知道为什么你的可以运行而我的不可以,但是还是很感谢你! 2017-05-19 20:55:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-19 14:08:18
really?

那你能把运行的结果输出来吗?在VMD里看看他的模型是什么样的?
data.bf  里面的原子坐标都是0,我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题,他估计就无所适从了。...

结果是这样的,我注释掉了楼主input文件里的dump movie,改成xyz之后,用vmd打开的
求助read_data读文件
Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png

7楼2017-05-19 19:05:53
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普通回帖

hym5701

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 18:45:08
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong

能不能解释一下啊!具体点,谢谢!英语

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-18 21:43:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hym5701 at 2017-05-18 21:43:06
能不能解释一下啊!具体点,谢谢!英语
...



发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-19 06:20:54
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
试着运行了一下楼主的文件,没发现有什么问题,可以运行
5楼2017-05-19 08:36:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 08:36:41
试着运行了一下楼主的文件,没发现有什么问题,可以运行

really?

那你能把运行的结果输出来吗?在VMD里看看他的模型是什么样的?
data.bf  里面的原子坐标都是0,我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题,他估计就无所适从了。
6楼2017-05-19 14:08:18
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cly001

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 19:05:53
结果是这样的,我注释掉了楼主input文件里的dump movie,改成xyz之后,用vmd打开的

Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
...

data文件有问题
8楼2017-05-20 15:00:20
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cly001

新虫 (初入文坛)

data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的,还是通过其他模型转化的。
9楼2017-05-20 15:04:37
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hym5701

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by cly001 at 2017-05-20 15:04:37
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的,还是通过其他模型转化的。

先通过MS建模型,然后输出car格式,接着用msi2lmp就可以得到data文件。

发自小木虫Android客户端
10楼2017-05-20 20:38:21
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