应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助read_data读文件
131/2返回列表12下一页
查看: 2464  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hym5701

木虫 (小有名气)

[求助] 求助read_data读文件 已有2人参与

大家好，刚开始接触lammps，有些地方不理解请大家帮忙看看，到底哪里出问题了。我的问题是想重复flow例子，但是模型不想按照晶格的方式创建原子，而是想通过read_data方式从文件读入，可是总是出错，总是提示：No atoms in data file？我把in文件和data文件贴出来，大家帮我看看，谢谢！
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : data.bf
    • 2017-05-18 18:20:16, 13.47 K
  • 附件 2 : in.mytry
    • 2017-05-18 18:24:57, 1.63 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-05-18 18:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-18 18:45:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hym5701: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 虽然不知道为什么你的可以运行而我的不可以，但是还是很感谢你！ 2017-05-19 20:55:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-19 14:08:18
really？

那你能把运行的结果输出来吗？在VMD里看看他的模型是什么样的？
data.bf  里面的原子坐标都是0，我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题，他估计就无所适从了。...

结果是这样的，我注释掉了楼主input文件里的dump movie，改成xyz之后，用vmd打开的
求助read_data读文件
Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2017-05-19 19:05:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

hym5701

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 18:45:08
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong

能不能解释一下啊！具体点，谢谢！英语

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-05-18 21:43:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hym5701 at 2017-05-18 21:43:06
能不能解释一下啊！具体点，谢谢！英语
...

不

发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-19 06:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试着运行了一下楼主的文件，没发现有什么问题，可以运行
赞一下 回复此楼
5楼2017-05-19 08:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 08:36:41
试着运行了一下楼主的文件，没发现有什么问题，可以运行

really？

那你能把运行的结果输出来吗？在VMD里看看他的模型是什么样的？
data.bf  里面的原子坐标都是0，我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题，他估计就无所适从了。
赞一下 回复此楼
6楼2017-05-19 14:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cly001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 19:05:53
结果是这样的，我注释掉了楼主input文件里的dump movie，改成xyz之后，用vmd打开的

Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
...

data文件有问题
回复此楼
8楼2017-05-20 15:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cly001

新虫 (初入文坛)
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的，还是通过其他模型转化的。
赞一下 回复此楼
9楼2017-05-20 15:04:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hym5701

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by cly001 at 2017-05-20 15:04:37
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的，还是通过其他模型转化的。

先通过MS建模型，然后输出car格式，接着用msi2lmp就可以得到data文件。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2017-05-20 20:38:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hym5701 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 青C资助名额大幅增加！ +12 西葫芦炒鸡蛋 2026-05-13 16/800 2026-05-18 10:02 by Equinoxhua
[硕博家园] 我在等一个没有答案的答案 +3 Love_MH 2026-05-17 3/150 2026-05-18 02:22 by 竹林孤影
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 l7k6xnh0yc 2026-05-14 7/350 2026-05-17 19:42 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 v9tggjlwd0 2026-05-15 5/250 2026-05-17 18:39 by Equinoxhua
[考博] 西南大学考核制博士 +5 lijunjie84 2026-05-11 8/400 2026-05-17 14:21 by 鹅鹅鹅鹅aaa
[基金申请] 这年头没有找到涵评专家，还有中面上的可能吗 +13 dd921ww 2026-05-12 16/800 2026-05-17 12:38 by 于轩
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 v9tggjlwd0 2026-05-15 4/200 2026-05-17 08:11 by 11n4dfd8yn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 l7k6xnh0yc 2026-05-14 8/400 2026-05-17 07:26 by 11n4dfd8yn
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 l7k6xnh0yc 2026-05-14 6/300 2026-05-17 07:16 by 11n4dfd8yn
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k37jurhrau 2026-05-16 3/150 2026-05-17 01:37 by ue3ir18jc3
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 k37jurhrau 2026-05-16 4/200 2026-05-17 01:35 by ue3ir18jc3
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 ky2p12rrjj 2026-05-15 3/150 2026-05-17 00:45 by ue3ir18jc3
[基金申请] 请问大佬b0816评完了吗 +4 市民华南虎 2026-05-12 8/400 2026-05-16 19:54 by Equinoxhua
[高分子] 本人最近太闲了，谁有问题可以提，每天会统一回复 +9 一切都是空工 2026-05-12 20/1000 2026-05-16 19:52 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 x0mp7owy2b 2026-05-15 4/200 2026-05-16 17:45 by j6b2pdz07o
[有机交流] 如何实现卤原子转化 +3 BT20230424 2026-05-15 5/250 2026-05-16 16:20 by czyzsu
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 l7k6xnh0yc 2026-05-14 6/300 2026-05-16 11:29 by h3oerqvkv9
[文学芳草园] 风把牡丹吹跑了 +5 myrtle 2026-05-12 9/450 2026-05-15 15:27 by myrtle
[考博] 26应届毕业生考博求助 +3 wo一定上岸 2026-05-13 3/150 2026-05-14 21:47 by 明海天涯
[论文投稿] 求助大佬sci投稿哪个好中 +3 江沅188 2026-05-12 4/200 2026-05-13 14:35 by 江沅188
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭