24小时热门版块排行榜    

查看: 2355  |  回复: 12

hym5701

木虫 (小有名气)

[求助] 求助read_data读文件 已有2人参与

大家好,刚开始接触lammps,有些地方不理解请大家帮忙看看,到底哪里出问题了。我的问题是想重复flow例子,但是模型不想按照晶格的方式创建原子,而是想通过read_data方式从文件读入,可是总是出错,总是提示:No atoms in data file?我把in文件和data文件贴出来,大家帮我看看,谢谢!
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : data.bf
  • 2017-05-18 18:20:16, 13.47 K
  • 附件 2 : in.mytry
  • 2017-05-18 18:24:57, 1.63 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
2楼2017-05-18 18:45:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hym5701: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 虽然不知道为什么你的可以运行而我的不可以,但是还是很感谢你! 2017-05-19 20:55:59
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-19 14:08:18
really?

那你能把运行的结果输出来吗?在VMD里看看他的模型是什么样的?
data.bf  里面的原子坐标都是0,我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题,他估计就无所适从了。...

结果是这样的,我注释掉了楼主input文件里的dump movie,改成xyz之后,用vmd打开的
求助read_data读文件
Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png

7楼2017-05-19 19:05:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

hym5701

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-18 18:45:08
RTFM

http://lammps.sandia.gov/doc/atom_style.html
http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

and then you will know what's wrong

能不能解释一下啊!具体点,谢谢!英语

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-18 21:43:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hym5701 at 2017-05-18 21:43:06
能不能解释一下啊!具体点,谢谢!英语
...



发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-19 06:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
试着运行了一下楼主的文件,没发现有什么问题,可以运行
5楼2017-05-19 08:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 08:36:41
试着运行了一下楼主的文件,没发现有什么问题,可以运行

really?

那你能把运行的结果输出来吗?在VMD里看看他的模型是什么样的?
data.bf  里面的原子坐标都是0,我不告诉他是想让他认真读手册的命令
你告诉他没问题,他估计就无所适从了。
6楼2017-05-19 14:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cly001

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-05-19 19:05:53
结果是这样的,我注释掉了楼主input文件里的dump movie,改成xyz之后,用vmd打开的

Screenshot_2017-05-19_19-04-17.png
...

data文件有问题
8楼2017-05-20 15:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cly001

新虫 (初入文坛)

data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的,还是通过其他模型转化的。
9楼2017-05-20 15:04:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hym5701

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by cly001 at 2017-05-20 15:04:37
data文件是怎么得到的。是通过lammps运行的模型得到的,还是通过其他模型转化的。

先通过MS建模型,然后输出car格式,接着用msi2lmp就可以得到data文件。

发自小木虫Android客户端
10楼2017-05-20 20:38:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hym5701 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +3 PUMPT 2026-03-22 6/300 2026-03-22 21:35 by zhq0425
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 318求调剂 +4 plum李子 2026-03-21 7/350 2026-03-22 14:17 by ColorlessPI
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 环境工程调剂 +9 大可digkids 2026-03-16 9/450 2026-03-20 17:38 by 醉在风里
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
信息提示
请填处理意见