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xpyp

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】 蛋白质预处理?

在用Gromacs作配体-酶复合物的分子动力学模拟前, 要对蛋白酶进行预处理, 应如何操作? 用什么软件好? 谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 22:13 ]
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shiyi09

金虫 (小有名气)

★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):感谢你的参与!
检查结构,有个免费的软件spdbv,可以自动补全有些缺失的残基,并有提示!
4楼2009-01-10 22:21:01
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
蛋白质的预处理是一般处理,不光是分子动力学模拟要处理。处理的方法软件也很多,最常用的InsightII, MOE, Sybyl, DS等等大型分子模拟软件包,还有一些简单的专一性小软件也可以做到,如VMD, Chieml等等
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-01-09 22:04:40
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dolphin100

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
检查结构,去除一些不需要考虑的杂原子,水分子, 优化收敛
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-01-09 23:45:43
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xpyp

木虫 (小有名气)

那用什么力场好呢? 最好优化后保存的pdb文件能让pdb2gmx识别!
5楼2009-01-16 02:47:51
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