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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】 蛋白质预处理?
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xpyp

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】 蛋白质预处理?

在用Gromacs作配体-酶复合物的分子动力学模拟前, 要对蛋白酶进行预处理, 应如何操作? 用什么软件好? 谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 22:13 ]
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1楼 2009-01-09 16:20:18
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
蛋白质的预处理是一般处理，不光是分子动力学模拟要处理。处理的方法软件也很多，最常用的InsightII, MOE, Sybyl, DS等等大型分子模拟软件包，还有一些简单的专一性小软件也可以做到，如VMD, Chieml等等
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-01-09 22:04:40
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
检查结构,去除一些不需要考虑的杂原子,水分子, 优化收敛
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-01-09 23:45:43
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shiyi09

金虫 (小有名气)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):感谢你的参与！
检查结构，有个免费的软件spdbv，可以自动补全有些缺失的残基，并有提示！
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4楼2009-01-10 22:21:01
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xpyp

木虫 (小有名气)
那用什么力场好呢? 最好优化后保存的pdb文件能让pdb2gmx识别!
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5楼2009-01-16 02:47:51
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-19 23:36
呵呵,我用insightII 处理的, 图形界面方便观察结构的问题地方,用builder修改或者直接替换不合理的键,调整结构,我用的是CVFF力场!
完事后,直接跑个SD CG 收敛 再到GROMACS里跑MD
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
6楼2009-02-19 23:14:15
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