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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 大伙在做docking的时候recepter（受体）选择用单独酶的PDB，底物的PDB
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fu_jian2008

金虫 (著名写手)

[求助] 大伙在做docking的时候recepter（受体）选择用单独酶的PDB，底物的PDB 已有1人参与

如题，最近小弟遇到一个问题，因为我做docking的这个酶有好几个PDB。然后我主要很困惑到底是用酶的PDB，还是用酶和底物的复合物的PDB作为recepter。哪个用来作为recepter会更好呢，还是有区别呢。请老司机版帮忙解惑。我不知道表达的清楚不？
还有大家都是用什么软件把chemdraw里的平面结构转换成可以docking的3D结构的呢？  还望不吝赐教，谢谢
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1楼 2017-05-13 04:12:10
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mddock

新虫 (小有名气)
回答你问题，能力有限，仅供参考：1，受体的问题，在同等条件下尽量选择含配体的蛋白，方便确定对接位置；2，一般来说chemdraw画好的结构可以直接用对接软件读入的，就是说大部分情况下不用转换了。

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2楼2017-05-13 06:38:30
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fu_jian2008: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-05-18 16:28:33
最好选用含有配体的蛋白pdb对接，chemidraw画好结构用chemi3D能量最小化后保存成mol2
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3楼2017-05-13 10:26:09
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