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fu_jian2008

金虫 (著名写手)

[求助] 大伙在做docking的时候recepter(受体)选择用单独酶的PDB,底物的PDB已有1人参与

如题,最近小弟遇到一个问题,因为我做docking的这个酶有好几个PDB。然后我主要很困惑到底是用酶的PDB,还是用酶和底物的复合物的PDB作为recepter。哪个用来作为recepter会更好呢,还是有区别呢。请老司机版帮忙解惑。我不知道表达的清楚不?
还有大家都是用什么软件把chemdraw里的平面结构转换成可以docking的3D结构的呢?  还望不吝赐教,谢谢
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mddock

新虫 (小有名气)

回答你问题,能力有限,仅供参考:1,受体的问题,在同等条件下尽量选择含配体的蛋白,方便确定对接位置;2,一般来说chemdraw画好的结构可以直接用对接软件读入的,就是说大部分情况下不用转换了。

发自小木虫Android客户端
2楼2017-05-13 06:38:30
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

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fu_jian2008: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-05-18 16:28:33
最好选用含有配体的蛋白pdb对接,chemidraw画好结构用chemi3D能量最小化后保存成mol2
3楼2017-05-13 10:26:09
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