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【求助】关于一系列的算法
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我知道常用的算法有：密度泛函，分子动力学，从头算， 他们之间是所属关系，还是各自独立？ 还有，他们的理论基础是什么呢？ 希望给些指导，非常感谢 [ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 15:34 ] |
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jinhongyan2009
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2楼2009-01-08 17:33:09
yalefield
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从头算，就是一笔一笔算 密度呢，比如说，你，这个不规则形状的生物，如果用长/宽/高/直径/周长之类的来表征，实在太麻烦，不如先称重，再浸到水里，得到体积，然后一除，得到密度。你看，密度大大减少了表征需要的变量数目。 分子动力学么，先要说分子力学。 你看，你挨打时，受到1000千克的力，同时也反馈给打你的那个人或物体1000千克的力。这就叫相互作用。 你受了内伤，他却没事，为什么？因为相互作用部位的内部构造不同。 但是，这个内部构造没有算到死了多少细胞的程度。 分子力学呢，就是算到原子，但是不考虑电子。 下面说分子动力学。 你还是受到1000千克的力，但是没事。这次是因为练了气功？非也。 这次是因为这个力是非常缓慢的作用到你的，因此，力的速度也得考虑在内。 明白些了？ |
3楼2009-01-08 17:34:59
yma
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第一性原理，或者从头计算，都是基于量子力学，通过求解薛定谔方程来获得体系的物理性质。比如Hartree-Fock方法，或者是密度泛函理论，都属于这类方法。需要注意的是，这些方法都是基于Born-Oppenheimer假设，即将耦合的电子-核运动解耦，分别求解电子薛定谔方程和核薛定谔方程。 如果进一步简化，考虑到核更加接近于经典粒子，因而忽略其量子效应，则可以只求解电子薛定谔方程，而核的运动则用经典力学描述，这就是ab initio MD。如CPMD。 再进一步，不考虑电子，而认为核是在电子作用下的某种平均势场中运动，将核完全等效为经典粒子，平均势场则利用经验公式来描述，这就是经典的分子动力学方法。 显然，这些方法具有一定的逻辑联系，但实际算法上可以说基本独立，适用范围也各有不同。 |
4楼2009-01-08 19:53:19
5楼2009-01-08 23:55:02
