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wwj_0905

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于一系列的算法

我知道常用的算法有:密度泛函,分子动力学,从头算,
他们之间是所属关系,还是各自独立?
还有,他们的理论基础是什么呢?
希望给些指导,非常感谢

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 15:34 ]
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jinhongyan2009

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+3,VIP+0):xiexie
wwj_0905(金币+1,VIP+0):谢谢,很明白
首先介绍第一性原理:指在计算的时候除了告诉程序你所使用的原子和它们的位置外,没有其他实验的、经验的或半经验的参量,且具有很好的移植性。从头算起是狭义的第一行原理计算,广义的第一行原理包括两大类: 以Hartree-Fork自洽场计算为基础的ab initio 从头算起和密度泛函理论计算。所以密度泛函和从头算属于并列的计算方法。至于分子动力学,我以为是基于这两种计算方法下的性质计算,不知道对不对,hehe.
2楼2009-01-08 17:33:09
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★ ★
wwj_0905(金币+1,VIP+0):说的真形象,谢谢你
wuchenwf(金币+5,VIP+0):xiexie 晶体版的朋友来了 热烈欢迎 :-)
从头算,就是一笔一笔算

密度呢,比如说,你,这个不规则形状的生物,如果用长/宽/高/直径/周长之类的来表征,实在太麻烦,不如先称重,再浸到水里,得到体积,然后一除,得到密度。你看,密度大大减少了表征需要的变量数目。

分子动力学么,先要说分子力学。
你看,你挨打时,受到1000千克的力,同时也反馈给打你的那个人或物体1000千克的力。这就叫相互作用。
你受了内伤,他却没事,为什么?因为相互作用部位的内部构造不同。
但是,这个内部构造没有算到死了多少细胞的程度。
分子力学呢,就是算到原子,但是不考虑电子。

下面说分子动力学。
你还是受到1000千克的力,但是没事。这次是因为练了气功?非也。
这次是因为这个力是非常缓慢的作用到你的,因此,力的速度也得考虑在内。

明白些了?
3楼2009-01-08 17:34:59
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yma

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+5,VIP+0):xiexie
第一性原理,或者从头计算,都是基于量子力学,通过求解薛定谔方程来获得体系的物理性质。比如Hartree-Fock方法,或者是密度泛函理论,都属于这类方法。需要注意的是,这些方法都是基于Born-Oppenheimer假设,即将耦合的电子-核运动解耦,分别求解电子薛定谔方程和核薛定谔方程。
如果进一步简化,考虑到核更加接近于经典粒子,因而忽略其量子效应,则可以只求解电子薛定谔方程,而核的运动则用经典力学描述,这就是ab initio MD。如CPMD。
再进一步,不考虑电子,而认为核是在电子作用下的某种平均势场中运动,将核完全等效为经典粒子,平均势场则利用经验公式来描述,这就是经典的分子动力学方法。
显然,这些方法具有一定的逻辑联系,但实际算法上可以说基本独立,适用范围也各有不同。
引用回帖:
Originally posted by wwj_0905 at 2009-1-8 16:21:
我知道常用的算法有:密度泛函,分子动力学,从头算,
他们之间是所属关系,还是各自独立?
还有,他们的理论基础是什么呢?
希望给些指导,非常感谢

4楼2009-01-08 19:53:19
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kuner

铁虫 (正式写手)

好贴,狂顶
5楼2009-01-08 23:55:02
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