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1yangz

新虫 (初入文坛)


[交流] 关于质粒载体,引物设计,及重组连接

我因为要扩增出一段目的基因并转入PNZ8112载体
现在关于PCR扩增目的基因的引物设计有些迷惑
本人纯属菜鸟,祈望各路大侠不吝赐教

载体图谱如下:


该载体我有些看不懂
1)repC, repA,cm ,Pnis,ssUSP,His, T分别是什么意思?
2)内圈里面的红色箭头是什么意思?指互补链么?
3)为什么右上方用绿色标识?是特指那段是多克隆位点吗?还有绿色中间还有一小段黑色的?在T的位置怎么还有个蓝色的框?

我的目的片段与该载体都有以下三个酶切位点:NaeI, speI , XmnI
是说我在设计引物的时候不可以用以上这三个克隆为点么!?
还麻烦各路英雄帮我看看我的目的基因插入在哪两个酶切为点之间比较合适!
我的目的片段是1134bp的
是不是大于600的就不好扩或者是说扩增效率很低?


我这个载体是专门转化乳酸乳球菌的特异性载体
现在只能用以下这两个酶切位点“kpnI”和“XbaI”了
现在有疑问
我本来对设计引物的思路还是比较清晰
结果后来是越看越糊涂

我的目的基因是UreB,菌株是幽门螺杆菌“ss1”
一个是希望大家给我提提一件
再一个是看看有没有高人给我看看我这个实验的可行性怎么样
谢谢

[ Last edited by 1yangz on 2009-1-10 at 21:39 ]
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fulixia

银虫 (小有名气)

有载体和目的基因序列的话,可以用Vector NTI进行分析,如果没有只能手工操作,比较麻烦。如果有序列,不会用软件的话,可以和我联系(QQ:767288335)
9楼2009-01-10 22:43:04
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查看全部 12 个回答

snzydong

铁杆木虫 (著名写手)


lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论~~
内圈里面的红色箭头 表示方向
我的目的片段与该载体都有以下三个酶切位点:NaeI, speI , XmnI
是说我在设计引物的时候不可以用以上这三个克隆为点么  是的不可以用 否则片段也切开了
要看你用什么公司的酶 只要选择公用buffer的就可以双酶切了
2楼2009-01-08 10:38:07
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1yangz

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by snzydong at 2009-1-8 10:38:
内圈里面的红色箭头 表示方向
我的目的片段与该载体都有以下三个酶切位点:NaeI, speI , XmnI
是说我在设计引物的时候不可以用以上这三个克隆为点么  是的不可以用 否则片段也切开了
要看你用什么公司的酶 只 ...

谢谢!
3楼2009-01-08 11:16:08
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study236

银虫 (小有名气)

你可以用简单载体即不带有酶切位点的载体,然后设计引物时,添加上酶切位点和保护碱基
4楼2009-01-08 13:42:28
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