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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子动力学模拟温度的问题
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笑问天

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】分子动力学模拟温度的问题

我用MS的分子动力学模块模拟水分子层在晶面上的吸附，为了消除建模时水分子的初始构象的影响，我在500K下先进行了5ps的平衡。而审稿人却认为在这个温度下水分子都蒸发光了，因此不同意我的做法。但是我也是参考别人的文献才这么做的啊，而且在模拟过程中没发现水分子都跑光光了呀。不过如果采用anneal模块的话，那么水分子确实会分散到整个盒子中去，但是用dynamic的话，就不会跑掉。请问遇到这个问题，要怎么跟审稿人解释呢。

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:05 ]
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1楼2009-01-06 20:19:18
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
别人文献上说了吗？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2009-01-06 20:58:34
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笑问天

木虫 (著名写手)
文献上没有谈到温度多少度合适，只是简单的说明了下在这个温度点下计算，我也没多想，就照猫画虎的借用了……
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3楼2009-01-07 00:12:53
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
yyx19840628(金币+5,VIP+0):谢谢
因为动力学中采用周期性边界条件来控制连续溶液模型，所以在任何温度下水都不会跑散。这篇文献做的应该是高温动力学模拟，在500k的温度下模拟的目的是想通过提高体系的温度来缩短模拟达到平衡的时间，但是温度不易过高，一般600k以下。你应该把这种高温动力学的思想介绍给审稿人，审稿人不一定是搞计算的，所以回产生误解。还有就是不光是高温动力学模拟，还有人做模拟退火分子动力学，温度还高一些，要到1000K以上，如果照审稿人的思路，材料可能都变性了，模拟毕竟是模拟，跟现实还是有区别的。

[ Last edited by wuhanhgf2002 on 2009-1-9 at 09:02 ]
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4楼2009-01-07 08:21:55
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢分析 受益
你在500K下运行，只是为了消除初始构像的影响，构造一个比较随机和混乱的初始构型而已，这没有任何问题。
为什么500K下没有蒸发呢？因为你并不是在模拟蒸发过程，所谓的500K只是为了给分子一个较大的动能，加快弛豫罢了，你这一步应该是在等容条件下弛豫的，而在等容和体系封闭的条件下，水不可能汽化。你这样跟审稿人讲就是了。
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5楼2009-01-07 12:16:39
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zz422

铜虫 (小有名气)
支持上面的分析
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6楼2009-01-07 17:13:12
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笑问天

木虫 (著名写手)
谢谢楼上几位高手的分析，平时也有不少人跟我扯这个温度的问题，说实在不明白温度怎么能这样设。我虽然大概知道缘由，可是又说不清道不明。现在要赶紧把高手的分析摘抄下来，铭记在心，随时拿出来显摆，哈哈。
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7楼2009-01-07 21:21:54
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