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笑问天木虫 (著名写手)
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【求助】分子动力学模拟温度的问题
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我用MS的分子动力学模块模拟水分子层在晶面上的吸附，为了消除建模时水分子的初始构象的影响，我在500K下先进行了5ps的平衡。而审稿人却认为在这个温度下水分子都蒸发光了，因此不同意我的做法。但是我也是参考别人的文献才这么做的啊，而且在模拟过程中没发现水分子都跑光光了呀。不过如果采用anneal模块的话，那么水分子确实会分散到整个盒子中去，但是用dynamic的话，就不会跑掉。请问遇到这个问题，要怎么跟审稿人解释呢。 [ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:05 ] |
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2楼2009-01-06 20:58:34
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3楼2009-01-07 00:12:53
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因为动力学中采用周期性边界条件来控制连续溶液模型，所以在任何温度下水都不会跑散。这篇文献做的应该是高温动力学模拟，在500k的温度下模拟的目的是想通过提高体系的温度来缩短模拟达到平衡的时间，但是温度不易过高，一般600k以下。你应该把这种高温动力学的思想介绍给审稿人，审稿人不一定是搞计算的，所以回产生误解。还有就是不光是高温动力学模拟，还有人做模拟退火分子动力学，温度还高一些，要到1000K以上，如果照审稿人的思路，材料可能都变性了，模拟毕竟是模拟，跟现实还是有区别的。 [ Last edited by wuhanhgf2002 on 2009-1-9 at 09:02 ] |
4楼2009-01-07 08:21:55
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谢谢楼上几位高手的分析，平时也有不少人跟我扯这个温度的问题，说实在不明白温度怎么能这样设。我虽然大概知道缘由，可是又说不清道不明。现在要赶紧把高手的分析摘抄下来，铭记在心，随时拿出来显摆，哈哈。 7楼2009-01-07 21:21:54
