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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

[求助] 用Bader 做电荷分析,得到的总电子数后面有小数点 已有5人参与

如题,用Bader做电荷分析时,得到的总电子数后面有小数点,比方说总的电子数是958, 计算之后输出文件里给出的总电子数是957.9005....这样子,不知道这样的结果对后面单个原子或者吸附分子的电荷分析有没有影响,或者结果可不可信? 调整哪些参数可以让这个电荷数为整数呢?
试着去增大NGXF NGYF NGZF 的值,得到的总电子数后面还是会有小数点。
做过这样分析的各位说说看法或者意见啊,,,感谢~~~
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hyde1022

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
抖抖豆豆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与,小木虫鼓励积极回答问题者 2017-05-02 16:57:29
抖抖豆豆: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-05-05 15:05:10
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-05-02 11:33:59
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hyde1022

铜虫 (小有名气)

蛋蛋小童鞋: 应助指数-1, 违规存档, 不允许同一个帖子多次刷应助 2017-05-02 16:57:46
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-05-02 11:34:34
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tinyw

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
抖抖豆豆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与,小木虫鼓励积极回答问题者 2017-05-02 16:58:14
别看输出日志文件里的电子数目,看你处理过后得到的ACF.dat最后一行的NUMBER OF ELECTRONS,那个是整数就可以。
你这个输出很接近,处理后的应该是整数的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-05-02 15:35:36
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
因为有数值处理误差。没有关系的。
2楼回复的很好
计算顺利点吧
5楼2017-05-02 19:33:24
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SB25000

木虫 (正式写手)

10楼2017-05-05 17:14:42
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 17:25:47
我觉得,如果是你想看这个吸附分子(比如是一个H2O分子为例子)你最好是看这俩H1个O原子上的电荷在吸附后是多少,再算单独的H2O的bader电荷做差值再加和。比你看整个体系的电荷变化来得好一些。...

我理解是:吸附后的分子我分析之后可以得到每个原子的电荷,对于吸附分子单独做电荷分析,把这两种作一个对比,,去比较得失电子。这样理解你的意思是对的吧?
因为我之前都是拿吸附后的电荷分析和这个吸附分子按照价电子得到的理论总电荷做比较的。
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14楼2017-05-05 17:39:07
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普通回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
加的是NGX,NGY,NGZ,不是NGXF,NGYF,NGZF,傅里叶变换前的实空间和变换后的相空间是两个空间。
6楼2017-05-03 14:13:38
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hyde1022 at 2017-05-02 11:33:59
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

多谢回复。我处理之后得到的ACF.dat 文件最后显示的 NUMBER OF ELECTRONS : 957.92 那这样也很接近958了。应该是没有问题的。现在还有一个小问题,很请教下您的看法。我之前用的 NGXF NGYF NGZF 分别为160 168 224, ACF 文件总电子数957.92, 然后继续分析了吸附小分子的总电荷为33.81 (理论总电荷为34), 这样看的话在吸附模型中失去0.19的电荷;当我把NGXF NGYF NGZF 提高为两倍,即为320 336 448,ACF文件里总电子数957.94,这个时候我再去分析这个吸附小分子的总电荷为34.15 ,这样又变成了得到0.15的电荷。这样哪个更可信呢?
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7楼2017-05-05 15:19:48
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tinyw at 2017-05-02 15:35:36
别看输出日志文件里的电子数目,看你处理过后得到的ACF.dat最后一行的NUMBER OF ELECTRONS,那个是整数就可以。
你这个输出很接近,处理后的应该是整数的。

多谢回复。我处理之后得到的ACF.dat 文件最后显示的 NUMBER OF ELECTRONS : 957.92 那这样虽然也很接近958,但依然是有小数点。不知这样的结果是否准确???
现在还有一个小问题,想请教下您的看法。我之前用的 NGXF NGYF NGZF 分别为160 168 224, ACF 文件总电子数957.92, 然后继续分析了吸附小分子的总电荷为33.81 (理论总电荷为34), 这样看的话在吸附模型中失去0.19的电荷;当我把NGXF NGYF NGZF 提高为两倍,即为320 336 448,ACF文件里总电子数957.94,这个时候我再去分析这个吸附小分子的总电荷为34.15 ,这样又变成了得到0.15的电荷。这样哪个更可信呢?还是说我要继续增大NGXF 呢?320 336 448 已近很大了,可否谈谈您的看法
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8楼2017-05-05 17:04:21
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-05-03 14:13:38
加的是NGX,NGY,NGZ,不是NGXF,NGYF,NGZF,傅里叶变换前的实空间和变换后的相空间是两个空间。

您好,多谢回复。在Henkelman Group主页上看到应该是NGXF NGYF NGZF
用Bader 做电荷分析,得到的总电子数后面有小数点
webwxgetmsgimg.jpg

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9楼2017-05-05 17:11:52
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