应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用Bader 做电荷分析，得到的总电子数后面有小数点
161/2返回列表12下一页
查看: 3495  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

[求助] 用Bader 做电荷分析，得到的总电子数后面有小数点 已有5人参与

如题，用Bader做电荷分析时，得到的总电子数后面有小数点，比方说总的电子数是958, 计算之后输出文件里给出的总电子数是957.9005....这样子，不知道这样的结果对后面单个原子或者吸附分子的电荷分析有没有影响，或者结果可不可信？　调整哪些参数可以让这个电荷数为整数呢？
试着去增大NGXF NGYF NGZF 的值，得到的总电子数后面还是会有小数点。
做过这样分析的各位说说看法或者意见啊，，，感谢～～～
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
work doesn't work without play
1楼 2017-05-02 11:05:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hyde1022

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
抖抖豆豆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-05-02 16:57:29
抖抖豆豆: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-05-05 15:05:10
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2017-05-02 11:33:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyde1022

铜虫 (小有名气)
蛋蛋小童鞋: 应助指数-1, 违规存档, 不允许同一个帖子多次刷应助 2017-05-02 16:57:46
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-05-02 11:34:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tinyw

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
抖抖豆豆(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-05-02 16:58:14
别看输出日志文件里的电子数目，看你处理过后得到的ACF.dat最后一行的NUMBER OF ELECTRONS，那个是整数就可以。
你这个输出很接近，处理后的应该是整数的。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

抖抖豆豆
4楼2017-05-02 15:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
因为有数值处理误差。没有关系的。
2楼回复的很好
赞一下(1人) 回复此楼
计算顺利点吧
5楼2017-05-02 19:33:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SB25000

木虫 (正式写手)
ENCUT取的多少？

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2017-05-05 17:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 17:25:47
我觉得，如果是你想看这个吸附分子（比如是一个H2O分子为例子）你最好是看这俩H1个O原子上的电荷在吸附后是多少，再算单独的H2O的bader电荷做差值再加和。比你看整个体系的电荷变化来得好一些。...

我理解是：吸附后的分子我分析之后可以得到每个原子的电荷，对于吸附分子单独做电荷分析，把这两种作一个对比，，去比较得失电子。这样理解你的意思是对的吧？
因为我之前都是拿吸附后的电荷分析和这个吸附分子按照价电子得到的理论总电荷做比较的。
赞一下(1人) 回复此楼
work doesn't work without play
14楼2017-05-05 17:39:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
加的是NGX，NGY，NGZ，不是NGXF，NGYF，NGZF，傅里叶变换前的实空间和变换后的相空间是两个空间。
赞一下 回复此楼
6楼2017-05-03 14:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hyde1022 at 2017-05-02 11:33:59
Bader算法是根据每个原子周围的charge density梯度来做切割和积分。然后把这些值加起来算总电子数。有些numerical error很正常 你的结果收敛的已经很好了 没有问题

多谢回复。我处理之后得到的ACF.dat 文件最后显示的 NUMBER OF ELECTRONS : 957.92 那这样也很接近958了。应该是没有问题的。现在还有一个小问题，很请教下您的看法。我之前用的 NGXF NGYF NGZF 分别为160 168 224，　ACF 文件总电子数957.92, 然后继续分析了吸附小分子的总电荷为33.81 (理论总电荷为34)，　这样看的话在吸附模型中失去0.19的电荷；当我把NGXF NGYF NGZF 提高为两倍，即为320 336 448，ACF文件里总电子数957.94，这个时候我再去分析这个吸附小分子的总电荷为34.15 ，这样又变成了得到0.15的电荷。这样哪个更可信呢？
赞一下 回复此楼
work doesn't work without play
7楼2017-05-05 15:19:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tinyw at 2017-05-02 15:35:36
别看输出日志文件里的电子数目，看你处理过后得到的ACF.dat最后一行的NUMBER OF ELECTRONS，那个是整数就可以。
你这个输出很接近，处理后的应该是整数的。

多谢回复。我处理之后得到的ACF.dat 文件最后显示的 NUMBER OF ELECTRONS : 957.92 那这样虽然也很接近958，但依然是有小数点。不知这样的结果是否准确？？？
现在还有一个小问题，想请教下您的看法。我之前用的 NGXF NGYF NGZF 分别为160 168 224，　ACF 文件总电子数957.92, 然后继续分析了吸附小分子的总电荷为33.81 (理论总电荷为34)，　这样看的话在吸附模型中失去0.19的电荷；当我把NGXF NGYF NGZF 提高为两倍，即为320 336 448，ACF文件里总电子数957.94，这个时候我再去分析这个吸附小分子的总电荷为34.15 ，这样又变成了得到0.15的电荷。这样哪个更可信呢？还是说我要继续增大NGXF 呢？320 336 448 已近很大了，可否谈谈您的看法
赞一下 回复此楼
work doesn't work without play
8楼2017-05-05 17:04:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-05-03 14:13:38
加的是NGX，NGY，NGZ，不是NGXF，NGYF，NGZF，傅里叶变换前的实空间和变换后的相空间是两个空间。

您好，多谢回复。在Henkelman Group主页上看到应该是NGXF NGYF NGZF
用Bader 做电荷分析，得到的总电子数后面有小数点
webwxgetmsgimg.jpg
赞一下 回复此楼
work doesn't work without play
9楼2017-05-05 17:11:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 抖抖豆豆 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 05:45 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭