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安静的位置i

金虫 (小有名气)

[交流] 关于用NcoI位点设计引物

我想设计一条引物,以NcoI为酶切位点,它的识别序列是CCATGG。
(1)这样它自身带有ATG,而ATG后面的G恰好会造成移码突变,我是不是需要在G后面再补加两个碱基,这样蛋白就变了,能不能有什么办法去掉那个G,表达天然的目的蛋白呢(除了下面的)?
(2)如果酶切后用klenow补平,是不是就会补成CCATG,这样就没有最后的那个G了?
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安静的位置i

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by nnxqwei at 2009-1-7 03:17:
1。“不是我想加,是我必须用NcoI这个位点插入,所以必然引入了ATG”,对于这个问题,不用人为加入ATG的,因为每个基因的ORF都是以ATG或GTG开始的,而ATG的启始效率是最高的。。。
2。“为什么不一定在这个位 ...

那就是说,只有在启动子后面第一个ATG是真正起到起始密码子功能的吧?RBS应该是位于启动子上的吧?
13楼2009-01-07 09:39:28
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eaglezheng

铁虫 (小有名气)

没看明白lz的意思,一般的引物加酶切位点后再加上保护碱基对引物没什么影响
2楼2009-01-05 23:22:13
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
安静的位置i(金币+5,VIP+0):谢谢!
1。基因通常以ATG作为启始密码子,如果NcoI为酶切位点进行连接表达,而基因第4个碱基不是G的话,可以把第4个碱基变为G,这样突变了一个氨基酸,对酶学特性影响不大,总比补加两个碱基从而多一个氨基酸较好。(补加的G是去不掉的)。如果你想表达的蛋白一个氨基酸也不变,那可以考虑用平端连接。也就是ATG........,用高保真酶(如pfu ,pyrobest等)PCR后产生平末端,不用加酶切位点,但平末端连接效果好差,而且有相反的方向。。。。

2。酶切后用klenow补平,也去不掉G的,因为读的方向是5‘-ATGG。。。。3’
3楼2009-01-06 02:12:14
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安静的位置i

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by nnxqwei at 2009-1-6 02:12:
1。基因通常以ATG作为启始密码子,如果NcoI为酶切位点进行连接表达,而基因第4个碱基不是G的话,可以把第4个碱基变为G,这样突变了一个氨基酸,对酶学特性影响不大,总比补加两个碱基从而多一个氨基酸较好。(补加 ...

谢谢楼上的回答!你的方法很好!突变一个G比较好:)
对于我的第二个问题,我可能没有说清楚,我的质粒上有Nco1这样的位点,我必须要用这个位点插入片段,而且这个位点上目前有一个别的片段,我要先用Nco1酶切掉这个片段,然后用Klenow补平这个质粒,再用你说的高保真酶PCR目的片段,这样平段连接,应该就是ATG+目的基因了吧?呵呵,我觉得您给我提供的方法就是这个意思吧?
4楼2009-01-06 09:14:33
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