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shengang404

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤NTSYS软件和popgene软件及使用程 已有1人参与

想用ISSR标记做遗传多样性分析,ISSR结果已经做出来了,求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤,NTSYS软件和popgene软件及使用教程,邮箱:shengang404@163.com,衷心感谢!
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-06-06 22:07:51
1. NTSYS得到的只是个体和个体之间的聚类图,如果你想得到UPGMA聚类图,还是得靠popgene。

2. 我说的话可能有误解,如果你想把这18个不同地区做群体,你起码得取360个样,如果有些地区实在找不到样品那就没办法 ...

按照您说的这个意思,我只是在三个地区一共取了18个品种的样品材料,从每个品种里边取出部分组织叶片各做了一份实验,所以在这样的情况下用NTSYS软件分析的话,得到的只是这18个个体之间的聚类关系,而不是这三个不同地区的群体之间的关系,对吗?
但是NTSYS软件里面也要用到UPGMA算法,那这个得到的UPGMA聚类图和用POPGENE的得到的UPGMA聚类图二者有何区别呢?
另外,我目前这种情况是不是无法用POPGENE进行分析遗传多样性了呢?
求指点
9楼2017-06-08 22:17:46
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

2楼2017-04-23 17:40:25
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shengang404

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-04-23 17:40:25
https://wenku.baidu.com/view/43ce56dd3186bceb19e8bb12.html

真心感谢你的帮助,你提供给我的之前我已经下载了,我需要软件,和具体分析方法
3楼2017-04-23 18:15:01
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-04-23 17:40:25
https://wenku.baidu.com/view/43ce56dd3186bceb19e8bb12.html

您好,看了您发的帖子,感觉对这方面应该比较了解了,特来请教。我最近也在做这个ISSR,用NTSYS分析聚类结果。我用了18个不同的样品,20种不同引物(每个引物有14个条带位点)。遇到的问题是:在使用NTSYS这个软件分析时,对于每一种引物而言,做成的是一个14行,18列的0,1矩阵excel表,可看到木虫里大家都说应该把这20种引物的0,1数据放在一个excel表中去分析,如果是这样的话,那就成了一个280行,18列的excel表,
求问:
1、在excel的第一行是不是应该写1,280,18,0  ?
2、每种引物的位点分别为100bp,200bp,300bp……1000bp,2000bp,3000bp。将所有引物的0,1数据写在一起的意思是说,第一种引物从100bp ~3000bp写完后再写第二个引物,直到写完第20种引物的数据信息吗?
3、如果按照2来操作,这么多数据混合在一起,能识别吗?还是说在最前面添加一列引物的名字做个说明?
还请帮帮忙,不知道怎么继续分析了,感谢感谢~
4楼2017-06-06 17:52:22
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