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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤NTSYS软件和popgene软件及使用程
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shengang404

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤NTSYS软件和popgene软件及使用程 已有1人参与

想用ISSR标记做遗传多样性分析，ISSR结果已经做出来了，求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤，NTSYS软件和popgene软件及使用教程，邮箱：shengang404@163.com，衷心感谢！
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1楼 2017-04-23 12:24:13
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-06-09 07:45:59
引用回帖:
9楼: Originally posted by 潇湘妃子。 at 2017-06-08 22:17:46
按照您说的这个意思，我只是在三个地区一共取了18个品种的样品材料，从每个品种里边取出部分组织叶片各做了一份实验，所以在这样的情况下用NTSYS软件分析的话，得到的只是这18个个体之间的聚类关系，而不是这三个不 ...

NTSYS的数据格式它没有分组功能，所以只是个体之间的遗传距离， popgene的数据格式是把这些样品按照采样地点人为分成一组组，比较的是组与组之间的遗传距离。你只用NYSYS分析是得不到群体之间的遗传距离，只能得到个体之间的遗传距离。

关于聚类图的区别也就在这里，算法是一样的。你在NTSYS软件得到的是18个样品的聚类图，而在popgene里如果分成了3组，得到的就是3个组的聚类图。

样品少，结果就不准确，分析还是可以的。但是写文章的话样本太少了， 除非你是用这些引物鉴定不同的物种遗传距离，这样的话你可以每个物种才一个样。
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。
10楼2017-06-09 04:39:31
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
https://wenku.baidu.com/view/43ce56dd3186bceb19e8bb12.html
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2楼2017-04-23 17:40:25
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shengang404

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-04-23 17:40:25
https://wenku.baidu.com/view/43ce56dd3186bceb19e8bb12.html

真心感谢你的帮助，你提供给我的之前我已经下载了，我需要软件，和具体分析方法
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3楼2017-04-23 18:15:01
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-04-23 17:40:25
https://wenku.baidu.com/view/43ce56dd3186bceb19e8bb12.html

您好，看了您发的帖子，感觉对这方面应该比较了解了，特来请教。我最近也在做这个ISSR，用NTSYS分析聚类结果。我用了18个不同的样品，20种不同引物（每个引物有14个条带位点）。遇到的问题是：在使用NTSYS这个软件分析时，对于每一种引物而言，做成的是一个14行，18列的0，1矩阵excel表,可看到木虫里大家都说应该把这20种引物的0，1数据放在一个excel表中去分析，如果是这样的话，那就成了一个280行，18列的excel表，
求问：
1、在excel的第一行是不是应该写1，280，18，0  ？
2、每种引物的位点分别为100bp，200bp，300bp……1000bp，2000bp，3000bp。将所有引物的0，1数据写在一起的意思是说，第一种引物从100bp ~3000bp写完后再写第二个引物，直到写完第20种引物的数据信息吗？
3、如果按照2来操作，这么多数据混合在一起，能识别吗？还是说在最前面添加一列引物的名字做个说明？
还请帮帮忙，不知道怎么继续分析了，感谢感谢~
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4楼2017-06-06 17:52:22
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 潇湘妃子。 at 2017-06-06 17:52:22
您好，看了您发的帖子，感觉对这方面应该比较了解了，特来请教。我最近也在做这个ISSR，用NTSYS分析聚类结果。我用了18个不同的样品，20种不同引物（每个引物有14个条带位点）。遇到的问题是：在使用NTSYS这个软件 ...

你说的1和2没错。 3的话不需要添加一列引物的名字。如果想做群体聚类的话得用Popgene软件分享，但是你的样本数太少，一个群体至少都需要20个不同地区的样本。
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5楼2017-06-06 20:59:51
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-06-06 20:59:51
你说的1和2没错。 3的话不需要添加一列引物的名字。如果想做群体聚类的话得用Popgene软件分享，但是你的样本数太少，一个群体至少都需要20个不同地区的样本。...

感谢你的回答！其实我也是看了一些做ISSR的文献，基本都是用UBC随机引物PCR扩增后，开始统计条带，然后用NTSYS，POPGENE进行ISSR的多态性分析。对于这俩软件我还有些困惑：
是不是NTSYS软件是为了最终得到那个材料间的遗传距离图和在此基础上形成的UPGMA聚类图？
POPGENE软件最终是为了得到一些具有遗传意义的指标？比如等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）这些
最后，我当时可能掌握的不够，不知道至少要20种，所以就取了18份不同地区的样本材料，少于20份材料的话可以用POPGENE软件来分析吗？现在这些工作都已经完成了，如果是这样的话有什么补救措施吗？
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6楼2017-06-06 21:50:01
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 潇湘妃子。 at 2017-06-06 21:50:01
感谢你的回答！其实我也是看了一些做ISSR的文献，基本都是用UBC随机引物PCR扩增后，开始统计条带，然后用NTSYS，POPGENE进行ISSR的多态性分析。对于这俩软件我还有些困惑：
是不是NTSYS软件是为了最终得到那个材料 ...

1. NTSYS得到的只是个体和个体之间的聚类图，如果你想得到UPGMA聚类图，还是得靠popgene。

2. 我说的话可能有误解，如果你想把这18个不同地区做群体，你起码得取360个样，如果有些地区实在找不到样品那就没办法。但你每个地区就取一个样本，这没法分析，根本没有统计学意义。如果你想补救，确定做哪个地区和哪个地区的多样性分析，尽可能的夺取样（>20）。
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7楼2017-06-06 22:07:51
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-06-06 22:07:51
1. NTSYS得到的只是个体和个体之间的聚类图，如果你想得到UPGMA聚类图，还是得靠popgene。

2. 我说的话可能有误解，如果你想把这18个不同地区做群体，你起码得取360个样，如果有些地区实在找不到样品那就没办法 ...

你好，我仔细体会了你说的这段话。我现在进行到一半，卡子这里真的是好多困惑找不到答案，不知是否方便添加好友咨询一下呀~QQ？微信？
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8楼2017-06-08 22:02:06
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2017-06-06 22:07:51
1. NTSYS得到的只是个体和个体之间的聚类图，如果你想得到UPGMA聚类图，还是得靠popgene。

2. 我说的话可能有误解，如果你想把这18个不同地区做群体，你起码得取360个样，如果有些地区实在找不到样品那就没办法 ...

按照您说的这个意思，我只是在三个地区一共取了18个品种的样品材料，从每个品种里边取出部分组织叶片各做了一份实验，所以在这样的情况下用NTSYS软件分析的话，得到的只是这18个个体之间的聚类关系，而不是这三个不同地区的群体之间的关系，对吗？
但是NTSYS软件里面也要用到UPGMA算法，那这个得到的UPGMA聚类图和用POPGENE的得到的UPGMA聚类图二者有何区别呢？
另外，我目前这种情况是不是无法用POPGENE进行分析遗传多样性了呢？
求指点
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9楼2017-06-08 22:17:46
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