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shengang404新虫 (初入文坛)
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求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤NTSYS软件和popgene软件及使用程 已有1人参与
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| 想用ISSR标记做遗传多样性分析，ISSR结果已经做出来了，求助 ISSR数据分析的方法和操作步骤，NTSYS软件和popgene软件及使用教程，邮箱：shengang404@163.com，衷心感谢！ |
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-06-09 07:45:59
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-06-09 07:45:59
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NTSYS的数据格式它没有分组功能，所以只是个体之间的遗传距离， popgene的数据格式是把这些样品按照采样地点人为分成一组组，比较的是组与组之间的遗传距离。你只用NYSYS分析是得不到群体之间的遗传距离，只能得到个体之间的遗传距离。 关于聚类图的区别也就在这里，算法是一样的。你在NTSYS软件得到的是18个样品的聚类图，而在popgene里如果分成了3组，得到的就是3个组的聚类图。 样品少，结果就不准确，分析还是可以的。但是写文章的话样本太少了， 除非你是用这些引物鉴定不同的物种遗传距离，这样的话你可以每个物种才一个样。 |
10楼2017-06-09 04:39:31
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2楼2017-04-23 17:40:25
shengang404
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3楼2017-04-23 18:15:01
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您好，看了您发的帖子，感觉对这方面应该比较了解了，特来请教。我最近也在做这个ISSR，用NTSYS分析聚类结果。我用了18个不同的样品，20种不同引物（每个引物有14个条带位点）。遇到的问题是：在使用NTSYS这个软件分析时，对于每一种引物而言，做成的是一个14行，18列的0，1矩阵excel表,可看到木虫里大家都说应该把这20种引物的0，1数据放在一个excel表中去分析，如果是这样的话，那就成了一个280行，18列的excel表， 求问： 1、在excel的第一行是不是应该写1，280，18，0 ？ 2、每种引物的位点分别为100bp，200bp，300bp……1000bp，2000bp，3000bp。将所有引物的0，1数据写在一起的意思是说，第一种引物从100bp ~3000bp写完后再写第二个引物，直到写完第20种引物的数据信息吗？ 3、如果按照2来操作，这么多数据混合在一起，能识别吗？还是说在最前面添加一列引物的名字做个说明？ 还请帮帮忙，不知道怎么继续分析了，感谢感谢~ |
4楼2017-06-06 17:52:22
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5楼2017-06-06 20:59:51
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感谢你的回答！其实我也是看了一些做ISSR的文献，基本都是用UBC随机引物PCR扩增后，开始统计条带，然后用NTSYS，POPGENE进行ISSR的多态性分析。对于这俩软件我还有些困惑： 是不是NTSYS软件是为了最终得到那个材料间的遗传距离图和在此基础上形成的UPGMA聚类图？ POPGENE软件最终是为了得到一些具有遗传意义的指标？比如等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）这些 最后，我当时可能掌握的不够，不知道至少要20种，所以就取了18份不同地区的样本材料，少于20份材料的话可以用POPGENE软件来分析吗？现在这些工作都已经完成了，如果是这样的话有什么补救措施吗？ |
6楼2017-06-06 21:50:01
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