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wittymadder

新虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
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虫号: 4440708

[交流] 优化过渡态最后结构变成了反应物/产物

做的是胞嘧啶有一个水分子的质子转移。
不知道是不是过渡态的猜测有问题？
改了几次结构都遇到了同样的问题，求解决方案。

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附件 1 : (2)ts.out

2017-04-14 07:51:37, 1.7 M

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1楼 2017-04-14 07:54:10

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wittymadder

新虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
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虫号: 4440708

输入文件~
%chk=(2)ts.chk
# opt(ts,modred,maxstep=10,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
N                2.22669453 0.03792186 2.39529382
C                2.81457753 1.25264886 2.39529382
C                2.07134553 2.44892486 2.39529282
C                0.66838253 2.32599586 2.39526982
N                0.04909453 1.12698186 2.39532682
H                2.56122353 3.42839086 2.39529782
H                0.01315453 3.21532686 2.39527382
N                4.28452635 1.26491574 2.39526322
H                4.61391757 1.74069164 3.21082359
C                0.86558953 0.03792186 2.39529382
O                0.31665344 -1.05979222 2.39530095
H                -0.94743943 1.04379496 2.39538940
H                3.03527727 -1.18585824 2.39529462
H                1.21906323 -1.99555745 2.39530703
O                2.31507774 -2.74744256 2.26623542
H                3.27507774 -2.74744256 2.26623542

1 2 1.0 10 1.0
2 3 1.0 8 2.0
3 4 2.0 6 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 10 1.0 12 1.0
6
7
8 9 1.0
9
10 11 2.0
11
12
13
14
15 16 1.0
16

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2楼2017-04-14 07:55:01

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hakuna

木虫 (知名作家)

应助: 82 (初中生)
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虫号: 167622

★
wittymadder(金币+1): 谢谢参与

引用回帖:

2楼: Originally posted by wittymadder at 2017-04-14 07:55:01
输入文件~
%chk=(2)ts.chk
# opt(ts,modred,maxstep=10,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
N 2.22669453 0.03792186 2.39529382
C ...

结构弄成这样呢

N                2.22669453 0.03792186 2.39529382
C                2.81457753 1.25264886 2.39529382
C                2.07134553 2.44892486 2.39529282
C                0.66838253 2.32599586 2.39526982
N                0.04909453 1.12698186 2.39532682
H                2.56122353 3.42839086 2.39529782
H                0.01315453 3.21532686 2.39527382
N                4.28452635 1.26491574 2.39526322
H                4.61391757 1.74069164 3.21082359
C                0.86558953 0.03792186 2.39529382
O                0.31665344 -1.05979222 2.39530095
H                -0.94743943 1.04379496 2.39538940
H                2.87570060 -1.04796506 2.39362767
H                0.91226613 -2.26366296 2.42272601
O                2.31173981 -2.51401207 2.39342120
H                2.61006309 -3.41164171 2.22951806

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3楼2017-04-14 12:05:31

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hakuna

木虫 (知名作家)

应助: 82 (初中生)
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★ ★ ★
wittymadder: 金币+3 2017-04-18 09:45:23

我就是好奇，平时gaussain真的玩儿得不多，玩儿过它自带的部分例子，从未真正用它做些什么。最近帮朋友的忙才算认真学习想玩儿一下，所以就玩儿了一下这个例子，还真玩儿出来了

高手们一定不觉得怎么着，我只能算个老初学者

1.用TS的话，初猜结构very重要，当然，这谁都知道

，但问题是是否真的足够重视了。
本例中楼主给的结构个人觉得不是很合理的地方：（1）环上=N-H; (2)OH上H的空间取向
所以我就调了一下它们的位置，输入文件如下（maxstep取为默认值的一半，这个应该关系不大）：
%chk=ts.chk
%nproc=16
# freq rb3lyp/6-31g(d)  opt(ts,modred,maxstep=15,noeigen)  geom=connectivity

Title Card Required

0 1
N                -0.33343534 0.48135271 -0.03979690
C                0.90189066 1.21505871 -0.01588090
C                2.06782366 0.31881571 -0.00782890
C                1.91642666 -1.02010029 0.00811610
N                0.66655466 -1.60763829 0.01393110
H                3.05016866 0.77229471 -0.00331090
H                2.75218266 -1.71170629 0.01755010
N                0.91264966 2.45722671 0.06176910
H                1.71684762 3.03569452 0.08365676
C                -0.51197134 -0.87551429 -0.01094190
O                -1.61042034 -1.43821929 -0.00845590
H                0.55232266 -2.61101629 0.02353310
H                -1.38189797 0.98486745 -0.01043957
H                -2.67277046 -0.61283821 -0.12096498
O                -2.53561361 0.72911506 -0.06758503
H                -2.86649061 0.84342006 0.83627197

1 2 1.0 10 1.5 13 1.0
2 3 1.0 8 2.0
3 4 2.0 6 1.0
4 5 1.5 7 1.0
5 10 1.0 12 1.0
6
7
8 9 1.0
9
10 11 2.0
11
12
13
14
15 16 1.0
16

2.跑了不足8分钟，得到了过渡态。过渡态结构如下：
                     Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       7          0    -0.304823 0.511241 -0.007128
   2       6          0       0.995036 1.041348 -0.002537
   3       6          0       2.074330 0.042354 -0.006661
   4       6          0       1.786585 -1.272610 0.002910
   5       7          0       0.470213 -1.703291 0.015786
   6       1          0       3.106010 0.375489 -0.014822
   7       1          0       2.537027 -2.055013 0.002676
   8       7          0       1.121841 2.321164 0.009048
   9       1          0       2.115151 2.566112 0.009092
   10       6          0    -0.555619 -0.789814 0.002737
   11       8          0    -1.759566 -1.249982 0.001205
   12       1          0       0.222313 -2.682030 0.009646
   13       1          0    -1.560851 1.102268 -0.063961
   14       1          0    -2.461565 -0.237008 -0.036166
   15       8          0    -2.704717 0.955798 -0.097218
   16       1          0    -3.056432 1.252182 0.759002
---------------------------------------------------------------------

****** 1 imaginary frequencies (negative Signs) ******
Diagonal vibrational polarizability:
   103.1522179    37.6589729    60.3559150
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
                  1                   2                   3
                  A                   A                   A
Frequencies --  -1473.2173             92.4296             149.5708
Red. masses --    1.0677                5.4629                5.7827
Frc consts  --    1.3654                0.0275                0.0762
IR Inten -- 186.5913             13.4439                2.5885
  Atom  AN    X    Y    Z       X    Y    Z       X    Y    Z
   1 7 -0.02 0.02 0.00    0.00 0.00  -0.13    0.00 0.00 0.38
   2 6    0.00 0.01 0.00    0.00 0.00  -0.05    0.00 0.00 0.10
   3 6    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.25    0.00 0.00 0.20
   4 6    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.21    0.00 0.00  -0.07
   5 7    0.01 0.01 0.00    0.00 0.00  -0.10    0.00 0.00  -0.28
   6 1 -0.01 0.01 0.00    0.00 0.00 0.48    0.00 0.00 0.34
   7 1    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.39    0.00 0.00  -0.14
   8 7    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00  -0.23    0.00 0.00  -0.26
   9 1    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00  -0.12    0.00 0.00  -0.41
10 6 -0.04  -0.03 0.00    0.00 0.00  -0.15    0.00 0.00 0.08
11 8    0.03  -0.01 0.00    0.00 0.00  -0.19    0.00 0.00 0.07
12 1 -0.01 0.01 0.00    0.00 0.00  -0.03    0.00 0.00  -0.45
13 1    0.67  -0.15 0.03 -0.01 0.01 0.09    0.01 0.00 0.17
14 1 -0.33 0.64  -0.01    0.00 0.00 0.04    0.00 0.00  -0.02
15 8    0.00  -0.02 0.00 -0.02 0.01 0.31    0.02 0.00  -0.12
16 1 -0.01  -0.04 0.00    0.17  -0.15 0.44 -0.21 0.03  -0.22
                  4                   5                   6
                  A                   A                   A
Frequencies -- 192.8165             262.2318             389.7402
Red. masses --    6.6349                5.8589                2.9517
Frc consts  --    0.1453                0.2374                0.2642
IR Inten --    4.4574             21.5772             17.4612
  Atom  AN    X    Y    Z       X    Y    Z       X    Y    Z
   1 7    0.00 0.00 0.31 -0.05 0.17  -0.01    0.00 0.00  -0.13
   2 6    0.00 0.00 0.03    0.07 0.04 0.00    0.00 0.00 0.12
   3 6    0.00 0.00  -0.18    0.00  -0.04 0.00    0.00 0.00 0.21
   4 6    0.00 0.00  -0.01 -0.03  -0.02 0.00    0.00 0.00  -0.23
   5 7    0.00 0.00 0.32 -0.05 0.10  -0.01    0.00 0.00 0.18
   6 1    0.00 0.00  -0.45    0.01  -0.06 0.01    0.00 0.00 0.08
   7 1    0.00 0.00  -0.11 -0.08  -0.07 0.01 -0.01  -0.01  -0.67
   8 7    0.01 0.00  -0.11    0.37 0.00 0.01    0.00 0.00  -0.08
   9 1    0.01 0.00  -0.35    0.43  -0.26 0.01    0.00 0.00 0.09
10 6    0.00 0.00 0.07 -0.02 0.13 0.00    0.00 0.00 0.03
11 8    0.00  -0.01  -0.40    0.05  -0.01 0.01    0.00 0.00 0.01
12 1    0.00 0.01  -0.13 -0.16 0.13 0.00 -0.01 0.00  -0.58
13 1    0.00 0.01 0.23 -0.22  -0.04 0.01    0.00  -0.01  -0.13
14 1    0.00 0.00  -0.28 -0.16  -0.07  -0.02    0.00 0.00 0.01
15 8    0.00 0.02 0.07 -0.27  -0.27 0.00 -0.01 0.00 0.00
16 1 -0.09  -0.27 0.13 -0.35  -0.36 0.00    0.13 0.02 0.05
                  7                   8                   9
                  A                   A                   A
Frequencies -- 456.0347             500.9191             502.3607
Red. masses --    6.5092                1.4374                2.6645
Frc consts  --    0.7976                0.2125                0.3962
IR Inten --    20.8683             64.8249             23.2918
  Atom  AN    X    Y    Z       X    Y    Z       X    Y    Z
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                  A                   A                   A
Frequencies -- 556.2485             567.0855             596.6783
Red. masses --    1.4927                2.7445                3.1383
Frc consts  --    0.2721                0.5200                0.6583
IR Inten --    78.7314             38.6474             28.1184
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                  A                   A                   A
Frequencies -- 605.1961             684.9416             701.1973
Red. masses --    1.4099                7.6706                2.8228
Frc consts  --    0.3042                2.1203                0.8177
IR Inten --    39.6813             13.2352                7.3048
  Atom  AN    X    Y    Z       X    Y    Z       X    Y    Z
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Frequencies -- 747.6111             781.3101             801.3038
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                  A                   A                   A
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                  A                   A                   A
Frequencies -- 1028.3781             1107.2104             1171.2847
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11 8    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00
12 1    0.00 0.00 0.00    0.23 0.97 0.01    0.00 0.00 0.00
13 1    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00    0.00  -0.01  -0.01
14 1    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00    0.01  -0.01  -0.01
15 8    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00    0.02  -0.02  -0.05
16 1    0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00 -0.37 0.31 0.87

gaussian还是好玩儿的

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18楼2017-04-14 18:04:03

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hakuna

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wittymadder

19楼2017-04-14 18:13:03

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xuepengchong

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20楼2017-04-15 08:34:52

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wittymadder

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19楼: Originally posted by hakuna at 2017-04-14 18:13:03
显摆一下虚频振动模式

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厉害

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22楼2017-04-16 15:10:20

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wittymadder

新虫 (正式写手)

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18楼: Originally posted by hakuna at 2017-04-14 18:04:03
我就是好奇，平时gaussain真的玩儿得不多，玩儿过它自带的部分例子，从未真正用它做些什么。最近帮朋友的忙才算认真学习想玩儿一下，所以就玩儿了一下这个例子，还真玩儿出来了

高手们一定不觉得怎么着，我只能 ...

我好像还是不会猜过渡态结构(●—●)有什么需要注意的求指教

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23楼2017-04-16 20:46:41

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hakuna

木虫 (知名作家)

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23楼: Originally posted by wittymadder at 2017-04-16 20:46:41
我好像还是不会猜过渡态结构(●—●)有什么需要注意的求指教
...

谈不上指教，注意一下结构合理性就是了
譬如你的这个结构中，=N-H弄成直线型就不合理了，很有可能虚频产生在这里，所以要调一下；儿水分子那块，注意未断O-H键的取向，不要妨碍水中O与H形成新的O-H键，当然也要考虑O上孤对的空间位置......

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wittymadder

24楼2017-04-18 13:19:46

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送红花一朵

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24楼: Originally posted by hakuna at 2017-04-18 13:19:46
谈不上指教，注意一下结构合理性就是了
譬如你的这个结构中，=N-H弄成直线型就不合理了，很有可能虚频产生在这里，所以要调一下；儿水分子那块，注意未断O-H键的取向，不要妨碍水中O与H形成新的O-H键，当然也要考 ...

谢谢啦～我现在把过渡态已经优化出来了

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25楼2017-04-18 13:22:37

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wittymadder

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引用回帖:

你能不能再帮我看看我还有个反应物没优化出来（图右是输入文件）

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26楼2017-04-18 13:25:12

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hakuna

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

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26楼: Originally posted by wittymadder at 2017-04-18 13:25:12
你能不能再帮我看看我还有个反应物没优化出来（图右是输入文件）

...

把过渡态结构里的H2O拉得远一些试试看，注意空间取向和O、H间距

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27楼2017-04-19 08:03:11

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slytjiaofei4楼

2017-04-14 12:21 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

纳米材料7535楼

2017-04-14 12:24 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

miaojiabing6楼

2017-04-14 12:30 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

zhaoyan19787楼

2017-04-14 12:30 回复

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天涯20128楼

2017-04-14 12:52 回复

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laom20139楼

2017-04-14 13:00 回复

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yaoyao14510楼

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也是小白11楼

2017-04-14 14:03 回复

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spc0812楼

2017-04-14 14:12 回复

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paperhunter13楼

2017-04-14 14:19 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

tzynew14楼

2017-04-14 14:26 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

龙飞哥15楼

2017-04-14 14:30 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

祝福发自小木虫Android客户端

aboluo19833116楼

2017-04-14 14:34 回复

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幸运观众17楼

2017-04-14 14:45 回复

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yyao_131421楼

2017-04-15 11:57 回复

wittymadder(金币+1): 谢谢参与

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