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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 优化过渡态最后结构变成了反应物/产物
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wittymadder

新虫 (正式写手)

[交流] 优化过渡态最后结构变成了反应物/产物

做的是胞嘧啶有一个水分子的质子转移。
不知道是不是过渡态的猜测有问题？
改了几次结构都遇到了同样的问题，求解决方案。
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    • 2017-04-14 07:51:37, 1.7 M

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1楼2017-04-14 07:54:10
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wittymadder

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by hakuna at 2017-04-18 13:19:46
谈不上指教，注意一下结构合理性就是了
譬如你的这个结构中，=N-H弄成直线型就不合理了，很有可能虚频产生在这里，所以要调一下；儿水分子那块，注意未断O-H键的取向，不要妨碍水中O与H形成新的O-H键，当然也要考 ...

谢谢啦～我现在把过渡态已经优化出来了

发自小木虫Android客户端
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25楼2017-04-18 13:22:37
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wittymadder

新虫 (正式写手)
输入文件~
%chk=(2)ts.chk
# opt(ts,modred,maxstep=10,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
N                  2.22669453    0.03792186    2.39529382
C                  2.81457753    1.25264886    2.39529382
C                  2.07134553    2.44892486    2.39529282
C                  0.66838253    2.32599586    2.39526982
N                  0.04909453    1.12698186    2.39532682
H                  2.56122353    3.42839086    2.39529782
H                  0.01315453    3.21532686    2.39527382
N                  4.28452635    1.26491574    2.39526322
H                  4.61391757    1.74069164    3.21082359
C                  0.86558953    0.03792186    2.39529382
O                  0.31665344   -1.05979222    2.39530095
H                 -0.94743943    1.04379496    2.39538940
H                  3.03527727   -1.18585824    2.39529462
H                  1.21906323   -1.99555745    2.39530703
O                  2.31507774   -2.74744256    2.26623542
H                  3.27507774   -2.74744256    2.26623542

1 2 1.0 10 1.0
2 3 1.0 8 2.0
3 4 2.0 6 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 10 1.0 12 1.0
6
7
8 9 1.0
9
10 11 2.0
11
12
13
14
15 16 1.0
16
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2楼2017-04-14 07:55:01
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
wittymadder(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by wittymadder at 2017-04-14 07:55:01
输入文件~
%chk=(2)ts.chk
# opt(ts,modred,maxstep=10,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
N                  2.22669453    0.03792186    2.39529382
C      ...

结构弄成这样呢
N                  2.22669453    0.03792186    2.39529382
C                  2.81457753    1.25264886    2.39529382
C                  2.07134553    2.44892486    2.39529282
C                  0.66838253    2.32599586    2.39526982
N                  0.04909453    1.12698186    2.39532682
H                  2.56122353    3.42839086    2.39529782
H                  0.01315453    3.21532686    2.39527382
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H                  0.91226613   -2.26366296    2.42272601
O                  2.31173981   -2.51401207    2.39342120
H                  2.61006309   -3.41164171    2.22951806
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3楼2017-04-14 12:05:31
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也是小白11楼
2017-04-14 14:03   回复  
wittymadder(金币+1): 谢谢参与
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