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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS3.0里LigandFit问题
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caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] DS3.0里LigandFit问题 已有2人参与

安装了DS3.0，结果想做LigandFit的时候发现没有这个选项，按照说明书去找也没有找到，这个是怎么回事，是在
那个interaction下面的DOCK Ligands里吗？那里面只有libDock和CDOCK啊
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1楼 2017-04-11 21:55:05
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mddock

新虫 (小有名气)
在protocol里。

发自小木虫Android客户端
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2楼2017-04-12 06:11:19
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caffey0387

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mddock at 2017-04-12 06:11:19
在protocol里。

我的界面是这样的，在哪里呢？？？？
DS3.0里LigandFit问题
新建 Microsoft Office PowerPoint 2007 幻灯片.png
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3楼2017-04-12 08:58:07
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
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4楼2017-04-12 11:04:12
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caffey0387

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cunzaigan at 2017-04-12 11:04:12
DS2.5教程中是使用protocol操作的，而从3.0开始就可以直接使用tools来进行了
一般对接就用那个CDOCKER比较好，半柔性对接，计算较慢但是最准确（对于DS这个软件来说）
其它的基本是快速筛选所用的，除非高通量筛选 ...

但是用CDOCKER的话，需要明确活性位点，或者从PDB数据库下载的蛋白里有配体分子。我现在做的蛋白从PDB数据库下载后没有配体，这个情况的话，我是不是可以先找些分子做个LIBDOCK筛选，明确活性位点（用我筛的小分子作配体）之后，再用CDOCKER进行对接？？？？
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5楼2017-04-12 15:11:42
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mddock

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-04-12 15:11:42
但是用CDOCKER的话，需要明确活性位点，或者从PDB数据库下载的蛋白里有配体分子。我现在做的蛋白从PDB数据库下载后没有配体，这个情况的话，我是不是可以先找些分子做个LIBDOCK筛选，明确活性位点（用我筛的小分子 ...

没活性位点，你怎么用libdock筛选？

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6楼2017-04-13 07:33:20
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caffey0387

木虫 (正式写手)
用那个receptor cavities找可能的活性位点做libdock啊
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7楼2017-04-13 10:14:11
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
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8楼2017-04-13 19:41:56
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caffey0387

木虫 (正式写手)
那个CDOCK和FLEXIBLE DOCK都需要定义什么配体附近5埃范围的氨基酸残基，这个不需要配体存在么才可以定义么？
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9楼2017-04-13 21:32:38
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mddock

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
7楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-04-13 10:14:11
用那个receptor cavities找可能的活性位点做libdock啊

不准，不到万不得已还是不要用。

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10楼2017-04-13 21:49:33
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