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caffey0387

木虫 (正式写手)

[求助] DS3.0里LigandFit问题 已有2人参与

安装了DS3.0,结果想做LigandFit的时候发现没有这个选项,按照说明书去找也没有找到,这个是怎么回事,是在
那个interaction下面的DOCK Ligands里吗?那里面只有libDock和CDOCK啊
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mddock

新虫 (小有名气)

2楼2017-04-12 06:11:19
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caffey0387

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mddock at 2017-04-12 06:11:19
在protocol里。

我的界面是这样的,在哪里呢????
DS3.0里LigandFit问题
新建 Microsoft Office PowerPoint 2007 幻灯片.png

3楼2017-04-12 08:58:07
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

感谢参与,应助指数 +1
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4楼2017-04-12 11:04:12
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caffey0387

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cunzaigan at 2017-04-12 11:04:12
DS2.5教程中是使用protocol操作的,而从3.0开始就可以直接使用tools来进行了
一般对接就用那个CDOCKER比较好,半柔性对接,计算较慢但是最准确(对于DS这个软件来说)
其它的基本是快速筛选所用的,除非高通量筛选 ...

但是用CDOCKER的话,需要明确活性位点,或者从PDB数据库下载的蛋白里有配体分子。我现在做的蛋白从PDB数据库下载后没有配体,这个情况的话,我是不是可以先找些分子做个LIBDOCK筛选,明确活性位点(用我筛的小分子作配体)之后,再用CDOCKER进行对接????
5楼2017-04-12 15:11:42
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mddock

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-04-12 15:11:42
但是用CDOCKER的话,需要明确活性位点,或者从PDB数据库下载的蛋白里有配体分子。我现在做的蛋白从PDB数据库下载后没有配体,这个情况的话,我是不是可以先找些分子做个LIBDOCK筛选,明确活性位点(用我筛的小分子 ...

没活性位点,你怎么用libdock筛选?

发自小木虫Android客户端
6楼2017-04-13 07:33:20
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caffey0387

木虫 (正式写手)

用那个receptor cavities找可能的活性位点做libdock啊
7楼2017-04-13 10:14:11
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

本帖仅楼主可见
8楼2017-04-13 19:41:56
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caffey0387

木虫 (正式写手)

那个CDOCK和FLEXIBLE DOCK都需要定义什么配体附近5埃范围的氨基酸残基,这个不需要配体存在么才可以定义么?
9楼2017-04-13 21:32:38
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mddock

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
7楼: Originally posted by caffey0387 at 2017-04-13 10:14:11
用那个receptor cavities找可能的活性位点做libdock啊

不准,不到万不得已还是不要用。

发自小木虫Android客户端
10楼2017-04-13 21:49:33
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