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caffey0387

木虫 (正式写手)

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专业: 天然药物化学

引用回帖:

8楼: Originally posted by cunzaigan at 2017-04-13 19:41:56
不管用什么对接，活性位点都需要定义的...

总结了一下各位大神的意见：
用 from receptor cavities的方法寻找可能的活性位点做libdock不准确，不推荐使用
但是我有个问题始终不明白，我从教程里看到的CDOCK以及FLEXIBLE DOCK方法（如图），在准备蛋白分子时，需要定义活性位点，是定义配体分子周边5埃氨基酸残基的范围，
那个EAL3002不是配体分子吗？如果我下载的蛋白文件没有配体那怎么办？应该如何定义活性位点呢？