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caffey0387

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by cunzaigan at 2017-04-13 19:41:56
不管用什么对接,活性位点都需要定义的...

总结了一下各位大神的意见:
用 from receptor cavities的方法寻找可能的活性位点做libdock不准确,不推荐使用
但是我有个问题始终不明白,我从教程里看到的CDOCK以及FLEXIBLE DOCK方法(如图),在准备蛋白分子时,需要定义活性位点,是定义配体分子周边5埃氨基酸残基的范围,
那个EAL3002不是配体分子吗?如果我下载的蛋白文件没有配体那怎么办?应该如何定义活性位点呢?
DS3.0里LigandFit问题
新建 Microsoft Office PowerPoint 2007 幻灯片.jpg

11楼2017-04-14 08:10:05
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

★ ★ ★ ★ ★
caffey0387: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-04-17 14:38:05
本帖仅楼主可见
12楼2017-04-14 08:36:02
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木狼人耶

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by mddock at 2017-04-13 21:49:33
不准,不到万不得已还是不要用。
...

大佬问一下,我用CDOCK进行虚拟筛选,用CDOCKER_ENERGY作为打分,区分度做出来很差。是为何
13楼2020-06-08 15:39:54
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