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sherry_wang

木虫 (正式写手)

[交流] 植物启动子预测

最近想 克隆启动子，查阅资料后，发现一般使用Plantcare和place这两个网站，试着操作了一下，找到gene注释的mRNA前2000bp，放入plantcare中预测，发现出现了很多TATA box和CAAT box（见附件），请问接下来该如何分析？另外place无法打开，请大神贴个能用的网站，万分感谢。PS：用Promoter 2.0（http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）分析相同的序列，提示找不到promotor，是为什么呢？
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  • 附件 1 : CAATbox.mhtml
    • 2017-04-10 10:49:00, 445.81 K
  • 附件 2 : TATA_box.mhtml
    • 2017-04-10 10:49:04, 445.81 K

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1楼 2017-04-10 10:49:22
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哈哈11111111

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好方便发一下Plantcare的网址和怎么使用么？我刚开始做启动子分析不知道怎么用，谢谢你

发自小木虫Android客户端
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4楼2017-07-14 20:14:06
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
发现很多TATA box和CAAT box很正常，这几个启动子核心元件因为序列短、随机出现概率高。PLACE网站目前不提供服务了，从去年就一直不能用了。你克隆启动子有什么目的呢？是诱导型的启动子？先预测下相关元件，推测启动子可能功能，再构建表达载体验证。
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2楼2017-04-10 12:58:03
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sherry_wang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-04-10 12:58:03
发现很多TATA box和CAAT box很正常，这几个启动子核心元件因为序列短、随机出现概率高。PLACE网站目前不提供服务了，从去年就一直不能用了。你克隆启动子有什么目的呢？是诱导型的启动子？先预测下相关元件，推测启 ...

1 启动子核心元件出现概率高，都是有效的核心元件么，还是列出了类似可能是核心元件，需要依据TATA box（-30/-35）和CAAT box(-75/-80)的位置进行筛选？
2 克隆启动子为了构建载体 后面做酵母单杂实验
3 请教预测相关元件，推测启动子可能功能是什么意思？
4 能推荐几个植物上使用的启动子预测网站或软件吗？
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3楼2017-04-10 14:54:30
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