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sherry_wang

木虫 (正式写手)

[交流] 植物启动子预测

最近想 克隆启动子,查阅资料后,发现一般使用Plantcare和place这两个网站,试着操作了一下,找到gene注释的mRNA前2000bp,放入plantcare中预测,发现出现了很多TATA box和CAAT box(见附件),请问接下来该如何分析?另外place无法打开,请大神贴个能用的网站,万分感谢。PS:用Promoter 2.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/)分析相同的序列,提示找不到promotor,是为什么呢?
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  • 附件 1 : CAATbox.mhtml
  • 2017-04-10 10:49:00, 445.81 K
  • 附件 2 : TATA_box.mhtml
  • 2017-04-10 10:49:04, 445.81 K

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sherry_wang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-04-10 12:58:03
发现很多TATA box和CAAT box很正常,这几个启动子核心元件因为序列短、随机出现概率高。PLACE网站目前不提供服务了,从去年就一直不能用了。你克隆启动子有什么目的呢?是诱导型的启动子?先预测下相关元件,推测启 ...

1 启动子核心元件出现概率高,都是有效的核心元件么,还是列出了类似可能是核心元件,需要依据TATA box(-30/-35)和CAAT box(-75/-80)的位置进行筛选?
2 克隆启动子为了构建载体 后面做酵母单杂实验
3 请教预测相关元件,推测启动子可能功能是什么意思?
4 能推荐几个植物上使用的启动子预测网站或软件吗?
3楼2017-04-10 14:54:30
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
发现很多TATA box和CAAT box很正常,这几个启动子核心元件因为序列短、随机出现概率高。PLACE网站目前不提供服务了,从去年就一直不能用了。你克隆启动子有什么目的呢?是诱导型的启动子?先预测下相关元件,推测启动子可能功能,再构建表达载体验证。
2楼2017-04-10 12:58:03
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哈哈11111111

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好方便发一下Plantcare的网址和怎么使用么?我刚开始做启动子分析不知道怎么用,谢谢你

发自小木虫Android客户端
4楼2017-07-14 20:14:06
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