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sherry_wang

木虫 (正式写手)

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[交流] 植物启动子预测

最近想克隆启动子，查阅资料后，发现一般使用Plantcare和place这两个网站，试着操作了一下，找到gene注释的mRNA前2000bp，放入plantcare中预测，发现出现了很多TATA box和CAAT box（见附件），请问接下来该如何分析？另外place无法打开，请大神贴个能用的网站，万分感谢。PS：用Promoter 2.0（http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）分析相同的序列，提示找不到promotor，是为什么呢？

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附件 1 : CAATbox.mhtml

2017-04-10 10:49:00, 445.81 K

附件 2 : TATA_box.mhtml

2017-04-10 10:49:04, 445.81 K

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1楼 2017-04-10 10:49:22

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sherry_wang

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引用回帖:

2楼: Originally posted by stone2239 at 2017-04-10 12:58:03
发现很多TATA box和CAAT box很正常，这几个启动子核心元件因为序列短、随机出现概率高。PLACE网站目前不提供服务了，从去年就一直不能用了。你克隆启动子有什么目的呢？是诱导型的启动子？先预测下相关元件，推测启 ...

1 启动子核心元件出现概率高，都是有效的核心元件么，还是列出了类似可能是核心元件，需要依据TATA box（-30/-35）和CAAT box(-75/-80)的位置进行筛选？
2 克隆启动子为了构建载体后面做酵母单杂实验
3 请教预测相关元件，推测启动子可能功能是什么意思？
4 能推荐几个植物上使用的启动子预测网站或软件吗？