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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs MD模拟 刚体问题
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Zzzlk

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs MD模拟 刚体问题 已有1人参与

我要进行分子动力学模拟，运用的工具是gromacs，老师让我把蛋白的一部分设置为刚体，但是这一部分是可以动的，只是这一部分结构内原子相对位置和速度都不变，各位大神，我应该怎么做。是不是要用索引文件设置分组，然后怎么办？

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1楼 2017-04-07 18:57:43
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crocodile5091

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

你能不能把软件发给我用一下
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4楼2018-03-12 15:23:38
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XYwinne

金虫 (小有名气)
用位置限制，看手册，里面有详细解释！

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2楼2017-04-07 20:17:18
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
可以试试把那一部分结构内部原子之间的键能设置大一些

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3楼2017-04-08 15:00:03
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