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caiqingchong

木虫 (著名写手)

[交流] 关于sacⅠ 和 EcoRⅠ双酶切的问题

这今天在克隆一个基因,大约1.7k,开始pcr完了后直接胶回收,双酶切,用的是MBI的酶,按照其网站的推荐,先在1x tango buffer里用Sac1酶切一段时间后,再加buffer至2x,同时加一定量的 EcoRⅠ,再酶切一段时间(网站要求酶切1h,而我延长至数倍),在胶回收跑电泳时发现,那个溴酚蓝的指示带扩散非常厉害,而DNA片段扩散也很严重,根本无法回收,做了几次都这样,排除了凝胶、上样buffer等原因,因为回收其他的都很好。

    几天又直接把DNA片段连接到了PMD-T载体上,提质粒后用上面的方法双酶切胶回收,还是一样的问题,溴酚蓝和DNA扩散的都很严重,到底是什么原因啊,是酶切时间太长了吗,还是怎么回事?

     碰到此问题或懂行的xdjm来解释或分析一下,谢谢了!
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
sxdxrhyy(金币+2,VIP+0):谢谢参与!
溴酚蓝扩散严重,还是看看TBE之类的buffer有没有问题吧
如果TBE出现沉淀,马上倒了重新配
marker是否也弥散呢?如果是的话首先怀疑电泳buffer的问题
2楼2009-01-01 15:52:08
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caiqingchong

木虫 (著名写手)

marker是不扩散的,泡的很好,用的TAE buffer,做PCR产物回收时很好的
3楼2009-01-01 16:09:18
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

那么有可能是酶切的那种buffer含盐量比较高,导致条带弥散
酶切时间也不宜过长,太长容易出现星号活性
尤其EcoR I比较那个一点~~~很少能够跟其他的酶兼容
我建议,加第一种酶切了之后,要加一步热变性灭活
然后再加第二种酶
否则后来的体系可能对前一种酶有影响导致出现星号活性
4楼2009-01-01 16:28:28
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