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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » AMBER14进行分解自由能计算遇到问题
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fengrui826

新虫 (小有名气)

[求助] AMBER14进行分解自由能计算遇到问题 已有1人参与

大家好！我在用amber14进行分解自由能计算时出现如下错误：
File "/home/dell/myname/amber14/bin/MMPBSA.py", line 113, in <module>
    app.write_final_outputs()
  File"/home/dell/myname/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 643, in write_final_outputs
    self.normal_system, self.mutant_system, self.mut_str, self.pre)
  File"/home/dell/myname/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/output_file.py", line 672, in write_decomp_binding_output
    gb_bind.parse_all()
  File "/home/dell/myname/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/amber_outputs.py", line 2112, in _parse_all_csv
    self._parse_all_begin()
  File "/home/dell/myname/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/amber_outputs.py", line 1956, in _parse_all_begin
    raise DecompError('Mismatch in number of decomp terms!')
DecompError: Mismatch in number of decomp terms!
Exiting. All files have been retained.

我的输入文件mmpbsa.in内容是:
Per-residue GB and PB dexomposition
&general
  startframe=1, endframe=50, verbose=1,
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
&pb
  istrng=0.100,
/
&decomp
  idecomp=1, dec_verbose=1,
  print_res="266; 267"
/

想问前辈们该问题如何解决？谢谢！
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1楼 2017-03-23 14:44:42
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fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyfxie8607 at 2017-03-24 15:10:03
应该是含有配体的编号的...

谢谢您！我把配体编号也放到print_res中试试。

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-03-24 20:07:13
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查看全部 6 个回答

fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyfxie8607 at 2017-03-23 15:57:00
res写配体了吗？

谢谢您的回复，我不太懂您的意思。是print_res="266; 267"中序号有配体编号吗？您能解释一下吗？非常感谢！
赞一下 回复此楼
3楼2017-03-23 16:10:33
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengrui826: 金币+15, ★★★很有帮助 2017-03-24 20:08:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by fengrui826 at 2017-03-23 16:10:33
谢谢您的回复，我不太懂您的意思。是print_res="266; 267"中序号有配体编号吗？您能解释一下吗？非常感谢！...

应该是含有配体的编号的
赞一下 回复此楼
4楼2017-03-24 15:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小红dd

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fengrui826 at 2017-03-24 20:07:13
谢谢您！我把配体编号也放到print_res中试试。
...

楼主，请问一下你的这个问题怎么解决的。谢谢

发自小木虫Android客户端
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6楼2018-12-19 10:14:58
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