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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模-优化-分子动力学模拟 参数与流程
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化工小巨人

新虫 (小有名气)

[求助] MS建模-优化-分子动力学模拟 参数与流程已有1人参与

各位MD大神，小弟刚开始接触MD模拟，最近看了很多资料，学习了MS的操作以及MD模拟的相关知识，也进行了前期的一些尝试计算，目前遇到几个问题希望大家能给予帮助。研究体系为三种有机物质A、B和C，均为液态，考察彼此之间的相互作用。操作在MS8.0上进行。
1.力场选择。所研究体系包括C、H、O、N、S元素，以及苯环、羰基、醛基、S=O，C-N、C=C。对于Compass和CVFF不知道该选哪一个？
2.流程：对分子A、B、C在Forcite中分别进行淬火，然后在Amorphous中建立盒子（建立盒子的时候有个Refinement options,是不是会在建好盒子时自动进行优化？），最后在Forcite Calculation中进行分子动力学计算。 该流程是否合适？
3.结构优化和动力学计算，怎么知道计算是否收敛或者结果准确？
4.一些计算细节：①淬火时，动力学优化系综选择是NVT，那么温度应该设为实验体系的温度吗？总模拟时间大于等于1000ps就会提示参数超上限，如果我要淬火1000ps，是不是分两次500ps即可？（第二次淬火起始速度选择current?）Thermostat选哪一个合适，个人觉得Berendsen和Andersen比较适合，选哪个？;Geometry Optimization中最大迭代次数一般设为多少合适？（文献没有提到）。 还有Optimize cell需要打钩吗？ ②建盒子的时候密度怎么确定？根据实际体系估算？（混合物不太好估计）还是选择Ramp density from an initial value?   这里的温度是实验体系的温度吗？需要和单个分子淬火时的温度保持一致吗？ Refinement options里面的动力学和最小化优化是对建好的盒子随即进行了优化吗？步数设为多少合适？5000合理吗？ ③最后动力学计算静电力用Ewald,范德华用cutoff,这样可以吧？
5.关于静电力和范德华，在单个分子淬火优化和盒子建立时只有Atombased和Groupbased,那么选Atombased可以吧？（选项中没有Ewald） 那么静电力和范德华的cutoff需要分别设置吗？如果设置的不一样，在计算盒子边长的时候以范德华的cutoff为准可以吗？
问题有点多，希望大神可以帮帮忙，最近看了很多资料，这些细节问题还是不太懂！谢谢！！！@oxox6085@smutao
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@月只蓝

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1楼2017-03-21 14:47:32
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煤层气

铜虫 (初入文坛)
是个好问题，帮顶，同求
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2楼2017-03-21 15:20:48
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leebrave

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.CVFF
2. 对a b c 三个分子先结构优化， 再 AC 建模， 再动力学豫弛（NVT 动力学 、 NPT退火、 NPT 动力学 ）后， 发现所建模型的密度与实际密度相吻合时，表明，预驰充分。 最后NVT动力学即可， 时间也不用很长500-1000ps 都可以 先从短的 尝试。
3. 看密度是否与实际的对应
4.5. 默认即可，除非你有特殊的要计算
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化工小巨人
不慌，平常心，一步一步走过来。
3楼2017-03-21 20:40:41
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化工小巨人

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by leebrave at 2017-03-21 20:40:41
1.CVFF
2. 对a b c 三个分子先结构优化， 再 AC 建模， 再动力学豫弛（NVT 动力学 、 NPT退火、 NPT 动力学 ）后， 发现所建模型的密度与实际密度相吻合时，表明，预驰充分。 最后NVT动力学即可， 时间也不用很长5 ...

谢谢你！
1、你说的动力学弛豫中 （NVT动力学、NPT退火、NPT动力学）这三个选其一即可？还是需要三个都进行？
2、因为实际体系是A、B、C的混合物，简单的估算密度？ 你的意思是根据密度来判断体系优化是否收敛？还是怎么判断收敛？
3、静电力和范德华的cutoff需要分别设置吗？还是设成一样的？

发自小木虫IOS客户端
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4楼2017-03-22 15:41:01
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化工小巨人

新虫 (小有名气)
请月只蓝区长进来看看！
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5楼2017-03-22 15:46:18
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i799

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leebrave at 2017-03-21 20:40:41
1.CVFF
2. 对a b c 三个分子先结构优化， 再 AC 建模， 再动力学豫弛（NVT 动力学 、 NPT退火、 NPT 动力学 ）后， 发现所建模型的密度与实际密度相吻合时，表明，预驰充分。 最后NVT动力学即可， 时间也不用很长5 ...

密度曲线怎么得到的

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6楼2021-08-06 15:24:59
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sumo

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leebrave at 2017-03-21 20:40:41
1.CVFF
2. 对a b c 三个分子先结构优化， 再 AC 建模， 再动力学豫弛（NVT 动力学 、 NPT退火、 NPT 动力学 ）后， 发现所建模型的密度与实际密度相吻合时，表明，预驰充分。 最后NVT动力学即可， 时间也不用很长5 ...

大佬我想问一下，就是我是做相容性，计算内聚能密度，然后看教程让298KNVT，603（实验温度）NVE，就是我有点不明白NVT，NVE这个作用咋用
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7楼2022-03-24 10:44:30
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