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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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li97358659

银虫 (初入文坛)

[求助] 基础操作求助 已有2人参与

在用DS做Libdock时,为什么别人打开的蛋白结构是图一那样的,我打开的却是图二那样的啊?这样会影响分子对接的结果吗?

基础操作求助
图一


基础操作求助-1
图二
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hclwonder

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
哎,这是分子显示的设置不同,人家那个是ribbon style,你这是全原子显示。都是可以通过设置调整的。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2017-03-20 11:33:40
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li97358659

银虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 11:33:40
哎,这是分子显示的设置不同,人家那个是ribbon style,你这是全原子显示。都是可以通过设置调整的。

好的 ,谢谢。
我还想问一下我ChemDrow画的结构式以什么格式保存才能在DS里面识别啊?
3楼2017-03-20 13:17:30
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 13:17:30
好的 ,谢谢。
我还想问一下我ChemDrow画的结构式以什么格式保存才能在DS里面识别啊?...

自己画的小分子?建议保存mol2格式,或者mol、sdf也可以。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-03-20 14:07:18
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li97358659

银虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 14:07:18
自己画的小分子?建议保存mol2格式,或者mol、sdf也可以。
...

我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组,我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊?因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。
5楼2017-03-20 14:23:54
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 14:23:54
我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组,我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊?因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。...

保存sdf格式,然后用notepad++打开,全选、复制,把所有单个分子的sdf内容都保存到一个总的sdf文件。你试下?

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6楼2017-03-20 15:03:18
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 14:23:54
我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组,我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊?因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。...

chemdraw我不熟,刚试了一下,好像可以画多个分子,然后保存sdf格式,用ds打开就是一组的。

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7楼2017-03-20 17:06:42
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li97358659

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 17:06:42
chemdraw我不熟,刚试了一下,好像可以画多个分子,然后保存sdf格式,用ds打开就是一组的。
...

嗯嗯,我等下试一下。
那直接打开就可以用来做LibDock对接么,还是说需要在进行怎么处理?
8楼2017-03-20 17:12:26
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changjun

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 17:12:26
嗯嗯,我等下试一下。
那直接打开就可以用来做LibDock对接么,还是说需要在进行怎么处理?...

LIgand Prepare,对接前这样处理配体,参数设置配体时要选All,另外你还要处理蛋白。最后才能对接。

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天然产物、药物开发
9楼2017-03-21 06:18:19
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